―――2020年、新東帝都。その中心にそびえる嵩天で、ひとりの男が高らかに「鶺鴒計画」の始動を宣言する。嵩天より放たれた108羽の「セキレイ」は神代の力を身に宿し、主たる「葦牙」を求め人の世に降り立つ。帝都を戦場とし、最後の一羽となるまで、闘って闘って、闘い抜くセキレイたちの運命。すべては、葦牙をいと高き「嵩天」へと導くために。愛する者と永遠に婚ぐために。主人公・佐橋皆人は、結、月海、草野、松──4羽のセキレイと出会い、その葦牙となった。そして自らの意志とは関係なく、帝都を舞台にした壮大なるゲーム──「鶺鴒計画」へと巻き込まれてしまう。『帝都封鎖』。鶺鴒計画も第弐段階へと進み、セキレイ達のバトルロイヤルがますます激化する中、皆人達は帝都脱出を試みる鷸ハルカとそのセキレイ・久能と出会う。彼らの脱出に手を貸した皆人達は、M・B・Iの狗“懲罰部隊”と激闘の末、二人を帝都から脱出させることに成功するのだった。それから数日……いつもと変わらない平和な日々を過ごす皆人達。しかしその裏では、『鶺鴒計画』が新たなるステージへと進み始めていた──。
第六天魔王・織田信長との天下二分の死闘の後―。武田と上杉、両軍は川中島で激しい攻防を繰り広げ、その一方で、宿命に結ばれし蒼紅伊達政宗と真田幸村もまた、勝負の刻を迎えていた。だがそこに奇襲の報。謎の大軍勢によって、武田・上杉・伊達の三軍は川中島の地に包囲されることになる。それは、日ノ本に再び大乱呼ぶことになる戦国の覇王・豊臣秀吉、その人の出現であった。世は再び、乱世となる―!!!
舞台は海に囲まれた都市国家。世界中から商人と冒険者が集う国。“世界の宝物庫”と呼ばれ、無限の可能性を秘めたこの町で、多くの人々が夢を抱き、今日も生きている。これは、ある冒険者と愉快な仲間たちによって繰り広げられる、ちょっと不思議な物語。
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない!」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた! 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。異世界・デジタルワールドでタイキが目にしたのは、デジモンたちが軍団を作って戦う姿だった。デジタルワールドでは、覇権を目指すバグラ帝国が破竹の進撃を続けており、平和なシャウトモンたちの里は、今まさにバグラ軍の総攻撃を受けていたのだ。タイキが望むのはデジタルワールドの覇権か、それとも…?いま、想像を超える戦いが始まる!