日本の片隅に浮かぶ竜宮島に、ある日突然、不思議な声が響き渡った。「あなたはそこにいますか…」そしてその瞬間、謎の敵によって竜宮島は襲撃される。島に暮らす少年・真壁一騎は、切り札として用意された兵器・ファフナーに乗り込み、戦うことを決意するのだった。
二角奇人(ディクロニウス)は、人間の突然変異体・・・・・・頭から生えた角を持ち、第6感とも言える特殊な能力と手を持っていた。人類を淘汰する可能性をも秘めた彼らミュータントたちは、その危険な能力のため、国家施設に隔離、研究されていた。しかし、偶発的事故により、ディクロニウスの少女ルーシーは拘束を破り、警備員らを殺戮、研究所を逃げ出す。が、その途中で記憶喪失となってしまう。過去と記憶を無くしたルーシーは、鎌倉・由比が浜に流れ着くが、その浜辺でコウタとユカに出会い、「にゅう」と名付けられ、コウタの住む楓荘に居候することになる・・・・・・のヒカルはある日、古い碁盤に宿る平安時代の天才棋士・藤原佐為の霊と出会う。それまで囲碁に全く興味のなかったヒカルだが、しだいにその魅力に惹かれてゆく。
はるか未来、地球と呼ばれていたかもしれない惑星。そこでは全身を機械化したサムライ達が、長きにわたり戦を行い、大地は焦土と化していた。ようやく大戦が終わり、人々は再び田を耕し、生きていくには困らない程度の米を生産できるようになったそんな時代――。深い山々にかこまれ湿潤な気候に恵まれたカンナ村も大戦時の痛手から立ち直り、米の収穫に恵まれていた。だが、村人たちは、米の出来ばえに喜んでばかりもいられなかった。毎年やってくる黒い脅威、「野伏(のぶ)せり・・・かつて戦場を彩っていた機械化されたサムライ達のなれの果て」が襲ってくるのだ。戦争の終わった今、彼らは生きる目的を失い、徒党を組み、村々を蹂躙し容赦なく米を奪っていく。抵抗には死!米を作ることしか知らない農民たちは野伏せりたちの襲撃を受け入れる以外、生きる術を持たなかった。だが、カンナ村の長であるギサクは、稲穂の実りを視察に来た野伏せりに対して、徹底抗戦を唱える。村人からあがる反対意見。しかしギサクには野伏せりを撃退する妙案があった・・・。
女性恐怖症の高校生、佐々木雪成。彼はある日突然、女の子ばっかりの世界に飛ばされてしまう。その世界は、青い森の都「セーレン」。そこで、彼は不思議な美少女「ミハル」と出会う。「ミハル」とともに、現代世界に戻ってきた雪成であったが・・・。
私立リリアン女学園高等部には清く正しい学園生活を受け継いでいくため“姉妹(スール)”と呼ばれる姉妹制度が存在する。1年生の福沢祐巳は山百合会(生徒会)に所属する憧れの先輩・小笠原祥子のスールとして、紅・黄・白薔薇さま達が運営する山百合会を手伝いながら学園生活を送っている。山百合会の個性的な面々やお嬢様である祥子の言動に振り回される日常が続く中、やがて薔薇さま達も卒業、そして新入生「瞳子」の登場により祥子を取り巻く衝撃の展開が祐巳を待ち受けていた。