東京・武蔵野で起きた通り魔事件。当初は被害者・月子の狂言が疑われたが、同じような手口の犯行が続出し、いつしか犯人は「少年バット」と呼ばれはじめる。被害者たちは皆、生きることから逃げたくなるような悩みを抱えていた。謎の通り魔をめぐる、サイコサスペンス。
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
私立リリアン女学園には清く正しい学園生活を受け継いでいくため、“姉妹(スール)”と呼ばれる姉妹制度が存在している。そんな学園での憧れの的は山百合会と呼ばれる生徒会を運営する薔薇さま達。ある日、主人公祐巳は山百合会のお姉さまと姉妹関係である“紅薔薇のつぼみ”こと祥子から突然の姉妹宣言をされ・・。