物語は100年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ! 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく!
1945年、太平洋戦争が終わった頃、ユーラシア大陸より史上最悪の生物・幻獣が出現。人類は抵抗を試みるものの、まるで歯が立たず、ひたすら消耗戦を繰り返すのみとなった。そして半世紀、いまだ人類は闘い続けている。 1999年の九州・熊本が本作の舞台。幻獣に対抗するために組織された5121部隊。所属する速水厚志、志村舞らを中心とした少年少女たちが、人型戦車(HWT)「士魂」を操り、幻獣と死闘を繰り広げる日々を背景に、部隊の生活を学園青春ドラマとしても描く。
高校2年生の少女・菊池ユメは、正式な魔法遣いになるための研修を受けるべく、岩手県の遠野から東京へとやって来ました。両親共に魔法遣いであった彼女は、当然のように自分も魔法遣いになりたいと思ったのです。しかし彼女は、漠然と「良い魔法を遣いたい」「人のためになる魔法を遣いたい」と思っているだけで、魔法遣いにとって本当に大切なことは何なのかをまだ理解してはいないようです。1ヶ月間の研修で、指導官の小山田や依頼人達と触れ合いながら、ユメはどんな魔法遣いに成長していくのでしょうか・・・。
西暦1920年代のアメリカ・ニューヨーク。悪魔退治を専門に扱うマグダラ修道会に所属する16歳のシスターロゼットと、その助手クロノは「悪魔祓い」と呼ばれるプロフェッショナル。合衆国の外からいろいろなモノに取り憑いて侵入しようとする悪魔を阻止すべく、今日もロゼットとクロノは数々の冒険を繰り広げる!。
西暦2XXX年。地球に落下してくる無数彗星の被害を抑えるため、人類は天体危機管理機構を設立、地球に落ちそうになった彗星を破壊する部隊・コメットブラスターを配置した。そして、彼らが撃ちもらした彗星を地上から撃破する部隊・メテオスイーパーには、コメットブラスターを目指す若者たちの姿があった…。