ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も解いたことがないという「千年パズル」をもらう。苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯がが現れた!遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる!
あの夏の日から3年。太一たち8人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのSOSが届き、3本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた5人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった!
太正12年春、真宮寺さくらは、帝国華撃団に入団するために、帝都へとやってきた。だが、彼女が訪ねた住所には、大帝国劇場が建っていた。戸惑いながらも、とりあえず中に入ってみたさくらは、公演中の舞台に迷いこんで、めちゃくちゃにしてしまう。
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