怪しげな教団の教祖の息子・卜部征人は「産霊(むすび)の儀」という儀式中に命を落として異世界へ転生した。その世界で彼に待ち受けていたのは…… 神と名乗るミタマの力を取り戻すために信者を集めること。どうやらミタマが発揮できる力の大きさは、信者の数に応じて変わるらしいのだが、肝心な信者数は……まさかの“0”!? 「うそ…ボクの信者、いなさすぎ…」征人が楽しく暮らしている「カクリ」という村を敵から守るため、また村を発展させるためにはミタマの力が必要だという。ミタマの力を取り戻すべく、征人はあの手この手を使いながら今日も信者集めに奔走する。果たして、ミタマの信者は集まるのか。そして、征人はこの世界で生き残れるのか――!神無き世界で繰り広げられる、ポンコツ神ファンタジーが今はじまる!
科学技術が発達した、機械仕掛けの理想郷「帝国」。超常の力・星霊術を駆使し、“魔女の国”と恐れられる「ネビュリス皇庁」。二国は長きにわたる戦争を続けてきたーー。帝国の最高戦力イスカと皇庁の王女にして“氷禍の魔女”アリスリーゼは、激闘の中で互いの素顔に触れ、その生き方と理想に惹かれ合う好敵手となった。独立国家アルサミラで帝国と皇庁の謀略を打ち砕いた二人は、再会を誓ってそれぞれの道へと進むが、意外な形でその約束を果たす。アリスの妹シスベルと取り引きを交わし、護衛として皇庁に潜入するイスカ。シスベルの捜索隊として皇庁の都市リースバーテンを訪れるアリス。偶然の再会は二人の心をさらに燃え上がらせるが…… 同時に皇庁内では帝国の内通者「純血種・被検体E」が暗躍し、帝国の「特務・女王捕獲計画」が動き出そうとしていた。否応なく引き裂かれようとするイスカとアリスは、その運命に抗うことができるのか――。
フェルナーク大陸の南方に位置する辺境にもかかわらず、5つの小国がひしめき合い、小競り合いの絶えないクレボーン島。その中で最も小さく最も平和なベイル王国の…つまり辺境の中の辺境にある小さな村で慎ましく暮らす少女ニコラ。日課の薪拾いの最中に彼女の前に現れたのは、はるか山奥に住むはずの巨大なドラゴン。まさに村が襲われようというその時、駆けつけたのは、極秘に組織された調査隊“王の探求者(キングス・シーカー)“の一員を名乗るハガという男。繰り返される平穏な毎日の中で飽きることも知らなかったニコラは、ハガに憧れ、自ら外の世界へと踏み出すことを望む。そして、彼女はこの世界の本当の姿を知ることになる。