2043年7月15日、各々のプレイヤーによって千差万別、否、“無限”のパターンの進化を辿る独自のシステム<エンブリオ>を有するダイブ型VRMMO<Infinite Dendrogram>が発売された。それまでのVRMMOが実現できず、技術的に不可能とされてきた要素を備えていた<Infinite Dendrogram>は瞬く間に一大ムーブメントとなって世界を席巻した。大学受験を終えて東京で1人暮らしを始めた青年・椋鳥玲二は、長い受験勉強の終了を記念して、かねてより兄に誘われていた<Infinite Dendrogram>を始めるのだった──。
殺意を感知するシステム「ミヅハノメ」を用いて、犯罪事件を捜査する組織、通称「蔵」。そして、「ミヅハノメ」のパイロットとして犯人の深層心理「殺意の世界(イド)」に入り、事件を推理する名探偵・酒井戸。頻発する凶悪かつ謎多き事件と、そこに見え隠れする連続殺人鬼メイカー「ジョンウォーカー」の影を追っていく。
新学期――それは新しい出会いの季節。見渡せばカップルだらけの教室で羽柴ジュンイチは苦悩する。「何故、俺はまだDT(ドーテイ)なんだ!?」悲願のDT卒業のためにはギャルに土下座で頼み込むのが近道と、友人から聞いたジュンイチは、同じクラスのギャル・八女ゆかなに土下座で告白!!結果、ゆかなの返事はまさかのOK!? はたしてジュンイチの運命は??
“ミニマム”それは、「小さな奇跡」とも呼ばれるごく限られた人間にのみ先天的に発現する特殊能力。その能力を身に付けた者は“ミニマムホルダー”と呼ばれる…。2014年 横浜 ナイスとムラサキのコンビ探偵“ハマトラ”は、事務所としてテーブルを間借りしているカフェ・ノーウェアで、仲間たちと一緒に今日も仕事の依頼を待っていた。そんな中、2人の元へと舞い込んだある依頼が、2人と旧知の間柄の警察官・アートが追いかける「連続殺人事件」と、奇妙な繋がりを見せる。その事件は、被害者が全員“能力者(ミニマムホルダー)”というものだった。ミニマムホルダーであるナイスとムラサキも、否応無しに事件の渦中へと巻き込まれて行く…。