京都で復活した不浄王の討伐に成功し、正十字学園での日常生活に戻った燐たち。しかし、正十字騎士團には悪魔に関する悩み相談が増え、世界各地でも異変の波が広がり始めていた。燐たち候補生は、協力して学園で起こる不可思議な現象を解決していく。そして迎えた正十字学園祭のさなか、啓明結社イルミナティの総帥である光の王・ルシフェルが突如現れる。ルシフェルは正十字騎士團に宣戦布告する——魔神サタンを復活させ、物質界(アッシャー)と虚無界(ゲヘナ)を融和する、と。そしてとある「計画」のため、出雲が必要だと言うが……。
突然姿を消したシュラを捜索するため、燐と雪男は兄弟ふたりで青森・永久蛇湖へ向かう。ここは、シュラの出身地――かつて獅郎が彼女を保護した場所だった。捜索を進める中、燐と雪男は、シュラに待ち受ける定めを知る。一方、正十字騎士團日本支部にやってきた四大騎士(アークナイト)のひとり・ライトニングは、イルミナティについての調査を開始する。全ては「青い夜」から始まった――そう推測するライトニングは、徐々に騎士團の暗部へ足を踏み入れることとなる……。
雪男は燐に決別を告げ、イルミナティへと向かってしまった。強さを求め、真実を求める雪男と向き合うためには、自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、メフィストの手引きで過去へと旅立つ。燐は、育ての父である藤本獅郎と実の母であるユリ・エギンの足跡を辿っていくが、二人が生きた道筋は、想像を超える過酷なものだった―― なぜ、悪魔の神であるサタンと人との間に仔が生まれたのか。〝青い夜〟とは何だったのか。すべてを知ったとき、燐が出す答えとは……。物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
リンガリンド。その地は、壁に囲まれた世界。壁がその地を覆い、守り、育み、育てた。壁は神――それがその大地、リンガリンドの根幹である。ある日、リンガリンド辺境の地「エッジャ村」に謎の男「バック・アロウ」が現れる。アロウは記憶を失っているが、自分が「"壁の外"からやってきた」ことだけはわかると言う。記憶を取り戻すために壁の外を目指すアロウだったが次第に、自身をめぐる争いに巻き込まれていく――