三門市。人口28万人。ある日この町に異世界への門が開いた。「近界民(ネイバー)」後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。しかし、その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。近界民の技術を独自に研究し、「こちら側」の世界を守るため戦う組織、界境防衛機関「ボーダー」。彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。それから4年。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。中学生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される「トリガー」と呼ばれる武器を持っていた。修に問いただされた遊真は言う。『俺は門の向こうの世界から来た。お前らが言うとこの「近界民」ってやつだ』遊真と修、二人の物語が動き始める。
新たな脅威に立ち向かう界境防衛機関“ボーダー”の精鋭たち!未知なる力を持つ「近界民(ネイバー)」の襲撃に対抗すべく設立された界境防衛機関“ボーダー”。その末端に所属する三雲修は、偶然知り合った「近界民」空閑遊真と幼馴染である雨取千佳と共に三雲隊を結成、「近界(ネイバーフッド)」への遠征部隊加入を目指すべくボーダー内部のランク戦を勝ち抜こうと奮闘していた。そんな中、新たなに「近界」からの襲撃が予測されるという情報がもたらされる。最大級の軍事国家アフトクラトルによる第二次大規模侵攻の傷の癒えぬ三門市と市民の混乱を避けるためボーダーは迅悠一の予知をもとにA級を中心とした精鋭隊員による極秘迎撃態勢を整えようとしていた。「門(ゲート)」が上空に発現し、攻撃手(アタッカー)ランク1位の太刀川慶が動き出そうしたその瞬間、迅が捉えた未来はー!?