【第1部】古代メキシコで繁栄を遂げた太陽の民アステカ。彼らには奇妙な「石仮面」が伝わっていた。それは、永遠の命と真の支配者の力をもたらすという奇跡の仮面。だが、ある時を境に歴史から姿を消す。やがて時は過ぎ、19世紀後半。人々の思想と生活が激変していた時代に出会った、ジョナサン・ジョースターとディオ・ブランドー。2人は少年時代から青年時代を共に過ごし、やがて「石仮面」を巡って数奇な運命を辿ることとなる――。/【第2部】ジョナサンの死から49年後。時は移り、世代も変わる。石油王となったスピードワゴンは財団を設立し、ストレイツォは老師トンぺティに代わり、波紋使い一派の後継者となっていた。その頃、スピードワゴン財団が派遣した遺跡発掘隊により、メキシコのある遺跡にて一体の奇妙なミイラが発見される。そのミイラの傍らには、あの忌まわしき石仮面のレリーフが刻まれていた…!ジョースター家と石仮面を巡る因縁は未だ終わらず…!
時は1987年――ジョセフ・ジョースターと柱の男たちとの死闘から49年後…。ジョセフは「悪霊に取り憑かれた」という孫・空条承太郎に会うため、極東の地・日本を訪れる。そして承太郎に対し、悪霊――「幽波紋(スタンド)」が突如発現した原因を語る。それは、100年に渡る長き眠りから目覚めた吸血鬼・DIOと、ジョースター家の忌まわしき因縁によるものだった。さらに、DIOのもたらした悪影響によって倒れ伏す承太郎の母・ホリィ。承太郎は母を救うため、全ての元凶にして邪悪の化身であるDIOを打倒すべく、仲間達と共に旅立つ…。
ジョースター家の宿敵・DIO復活の影響で、「幽波紋(スタンド)」と呼ばれる能力を身につけた青年・空条承太郎。DIOの呪縛によって倒れた母・ホリィを救うため、祖父・ジョセフや仲間と共に打倒DIOの旅に出る。長き旅路の中で、次々現れる刺客を退けながら、ついにDIOのいるエジプト上陸を果たした承太郎たち。だが、そんな彼らの行く手を阻むかのように、奇怪にして恐ろしき新たなる敵の影が迫っていた――。