数千年後の未来、宇宙空間に進出した人類は、銀河帝国と、自由惑星同盟という“専制政治”と“民主主義”の2つの異なる政治体制を持つ二国に分かれた。この二国家の抗争は実に150年に及び、際限なく広がる銀河を舞台に、絶えることなく戦闘を繰り返されてきた。長らく戦争を続ける両国家。銀河帝国は門閥貴族社会による腐敗が、自由惑星同盟では民主主義の弊害とも言える衆愚政治が両国家を蝕んでいた。そして、宇宙暦8世紀末、ふたりの天才の登場によって歴史は動く。
宇宙暦796年(帝国暦487年)。3000万人の将兵を動員した自由惑星同盟の遠征軍は、帝国領内で銀河帝国宇宙艦隊副司令長官となったラインハルト元帥と麾下の率いる大艦隊と交戦。8個艦隊中、3個艦隊を失うという大きな被害を受けた。しかし、自由惑星同盟最高評議会の意向を受けたロボス総司令官は、残存戦力を集結させての戦闘継続を指示。完全なる勝利を求めるラインハルトも、自由惑星同盟軍の集結ポイントであるアムリッツァ星域へと進攻したことで、後に「アムリッツァ星域会戦」と呼称される戦いが幕を開けた。「アムリッツァ星域会戦」の翌年、銀河帝国皇帝フリードリヒ四世が後継者を指名しないまま急死。門閥貴族による権力闘争が始まる。一方、自由惑星同盟内では大規模な軍事クーデターが勃発。帝国、同盟それぞれの国を揺るがす二つの内乱はラインハルトとヤンの行く末をも左右することに…。
帝国暦488年(宇宙暦797年)、ラインハルトは門閥貴族連合との内戦に勝利し、名実ともに銀河帝国の最高権力者となる。しかし、自らの半身ともいうべきキルヒアイスを喪った哀しみは、彼の心に暗い影を落としたままであった。時を同じくして、自由惑星同盟では、救国軍事会議によるクーデターを鎮圧したヤン・ウェンリーが、名将としての声望をますます高めていた。しかし、権力に固執する同盟政府の政治家たちは、ヤンへの警戒心を強めていく。翌年、銀河帝国軍はイゼルローン要塞の奪還作戦を開始した。過去も現在も難攻不落を誇る軍事拠点に対し、ケンプ提督率いる帝国軍は驚くべき攻略法をもって攻めかかる。それは、これまでの歴史にない戦闘の始まりとなるのであった。