劣等生の兄と、優等生の妹。魔法科高校での波乱の日々が始まる―。魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。そして、春。今年も新入生の季節が訪れた。国立魔法大学付属第一高校―通称『魔法科高校』は、成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『二科生』で構成され、彼らはそれぞれ『花冠』(ブルーム)、『雑草』(ウィード)と呼ばれていた。そんな魔法科高校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウィード)。妹は、全てが完全無欠な優等生(ブルーム)。どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。
2095年10月31日。未観測の戦略級魔法によって、一国の軍事都市と艦隊が消滅した。《灼熱のハロウィン》と呼ばれたこの日から、世界は新たな戦略級魔法師の登場に震撼することになる。中でも「世界最強の魔法部隊」であるスターズを擁する北アメリカ合衆国(USNA)は危機感を募らせ、秘密裏に未観測の戦略級魔法と、その魔法を使用した魔法師の正体を暴こうと躍起になっていた。それから約二ヶ月後の12月24日。街がクリスマスの飾りとイルミネーションで賑わっているなか、達也たちは交換留学でアメリカに行くという雫の送別会に集まっていた。雫がアメリカに行く期間は三ヶ月。雫によると、彼女に代わって第一高校に来るのは、同い歳の女の子だという。同じ頃、USNAのスターズ基地では、一人の少女が第一高校への潜入調査に赴く準備を進めていた。彼女の名はアンジェリーナ=クドウ=シールズ。スターズ歴代最年少の総隊長にして、戦略級魔法ヘヴィ・メタル・バーストを操る世界最強の魔法師だった――。
魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。政治結社《ブランシュ》の襲撃。九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭竜ノー・ヘッド・ドラゴン》の介入。大亜連合軍の横浜への侵攻。人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ=クドウ=シールズの来訪。波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったがそれを世界が許すはずもなく…。そして、──波乱の日々が、再び幕開く。
魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、通称“魔法科高校”に二人の兄妹が入学した。一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹・深雪。時に恋人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、ほんの数年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。その関係が変わった背景には、ある出来事があった。三年前の沖縄。深雪にとって忘れられない出来事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。シリーズ累計2200万部を突破したスクールマギクスの始まりの物語《追憶編》が幕を開ける。