雷門中学のサッカー部は、部員わずか7人の弱小クラブ。部室に集まってもそれぞれ好きなことをして、だらだらと時間を過ごすだけの毎日を送っている部員たち。そんな中、熱血サッカー少年のキャプテン・円堂守は部員たちに「明日の試合に向けて練習しようぜ!」と叱咤する。しかし「なんで今日に限って、そんなに練習練習ってうるさいわけ?」と、返ってくる反応は鈍い。円堂によると、なんと強豪で知られる帝国学園から試合の申込みがあったのだ。しかし、試合をするには4人足りない。さらに、試合に出なければサッカー部の存続を考え直す、と言われている。なんとしてでも帝国学園との試合を実現させたい円堂は、ひとり練習にはげむ。そんな時、円堂は必殺シュート"ファイアトルネード"を操る『伝説のストライカー』豪炎寺修也と出会う。
円堂守率いる雷門イレブンとともに、かつての敵やライバルたちによって結成された、少年サッカー日本代表「イナズマジャパン」。世界一を目指し「フットボールフロンティア・インターナショナル」に出場したイナズマジャパンは各国の強豪と激闘を繰り広げ、ついに世界の頂点に立った。その輝かしい栄光から10年―――。イナズマジャパンのFFI世界制覇によって、日本におけるサッカーの人気と地位は向上し、サッカーの強さがそのまま学校の社会的評価となるまでになっていた。イナズマジャパンに多くの選手を輩出した雷門中は、サッカー名門校として全国にその名を轟かせるまでになった。サッカーが大好きな少年、松風天馬は、夢にまで見た雷門中への入学を前に、期待に胸を膨らませていた。サッカー部を目指して雷門中の中を歩き回る天馬。ところが、天馬がそこで見たものは、たった一人相手にボロボロに打ちのめされたサッカー部員の姿だった!その相手とは、サッカー管理組織「フィフスセクター」から送り込まれた剣城京介。いまや全国のサッカーは「フィフスセクター」によって管理され、学校はフィフスセクターの指示通りの試合を行わなければならなかった。サッカー初心者ながらも、熱い想いを胸に秘めた天馬は、剣城京介にたった一人立ち向かう。少年たちよ…今こそサッカーを取り戻す「革命(カゼ)」を起こせ!
本当のサッカーを取り戻すため、サッカー管理組織「フィフスセクター」の意向を覆す試合を続けてきた天馬たち雷門イレブン。さまざまな妨害や困難な壁を乗り越えて、ついに雷門イレブンはホーリーロード全国大会で優勝を果たした。そして、フィフスセクターが解散されたいま“管理されたサッカー”は終わりを告げ、サッカーを愛する子供たちが自由にプレイできる世界となった。しかし、それから3ヶ月――。豪炎寺に頼まれた沖縄での「サッカー教育プログラム」の支援活動を終えて、久々に雷門中に戻ってきた天馬は、足早にサッカー部のメンバーに会いに行く。ところが、天馬の知らないところで、雷門中に不思議な事態が起こっていた。グラウンドは野球部が占拠し、サッカー棟からはサッカー部が消えてしまっていた。一体これは!? とにかく部員を探そうと歩きまわる天馬は、ついに神童を見つける。ところが神童はサッカー部なんて存在しないと言い放ち、さらに他のメンバーまでも、サッカー部のことを知らないばかりか、天馬とも初対面のように振る舞う。みんながサッカーのことを忘れてしまっていると落ち込む天馬の前に「アルファ」と名乗る謎の少年が現れる。「お前からサッカーを消去する」と告げるアルファ。そして、天馬はアルファにより異次元の空間に連れ去られる。その先で、天馬は驚きの光景を目撃する・・・アルファはなぜサッカーの存在を消去しようとするのか!?多くの謎が交錯する中、サッカーを守るため時空を超えた天馬の戦いがはじまる――!
サッカーが帰ってきた――セカンドステージ・チルドレンとの戦いに勝利し、現代へと帰ってきた雷門イレブン。サッカー禁止令は解除され、自由にサッカーを楽しめる世界が戻っていた――。そんな天馬たちの新たな戦いが始まる!それは、少年サッカー世界一を決める大会『フットボールフロンティア・インターナショナルV2(ビジョンツー) 』。世界の頂点を目指す日本代表メンバーが選ばれるその日、天馬たち雷門イレブンを含め100名以上の候補者が緊張と興奮に沸き立つ中、日本代表監督に就任した黒岩流星監督から新生イナズマジャパンのメンバーが発表された!そのメンバーとは…天馬、剣城、神童以外の8名は見たことも聞いたこともない名もなき選手ばかり――しかし、驚くのはそれだけではなかった!なんと、代表に選ばれた選手8名は誰もがサッカー経験ゼロの初心者ばかりだったのだ……謎に包まれた代表選考。黒岩の思惑とは一体!?新生イナズマジャパン結成に秘められた衝撃の真実とは!?日本最強のド素人集団を率いる天馬の、世界一を懸けた熱い戦いが幕を開ける!