卒業するだけで人生の成功が約束されるという、「私立 希望ヶ峰学園」。“超高校級”と呼ばれる、突出した才能を持つ生徒たちだけが集められるエリート高校への入学を抽選によって許された苗木誠。学園の門に足を踏み入れた途端に身体を走る衝撃。そして次に目を覚ました時、彼は14人の仲間たちと封鎖された校舎に閉じ込められていることを知る。戸惑う苗木たちに学園長を名乗る「モノクマ」は、「これからみなさんには一生、ここで暮らしていただきます。学園から卒業したければ、仲間を殺さなければなりません」と告げて…。
“超高校級の絶望”による『人類史上最大最悪の絶望的事件』によってかつて世界は崩壊までおいつめられた。そんな絶望に満ちた世界を救うべく、“未来機関”が結成される。江ノ島盾子を倒した苗木誠たち78期生は、未来機関に所属することになった。そこで世界の復興のため活動を続けるが、苗木は「絶望の残党」をかばったとして反逆の罪に問われてしまう。苗木の処分のため集まった未来機関一同だったが、モノクマによって監禁され、「最後のコロシアイ」を突きつけられる。腕には奇妙なバングルがつけられ、一定時間が来ると睡眠薬が投与される。さらに、この中には“裏切り者”が存在し、未来機関を殺しに来るというのだ。「生き延びるためには、裏切り者を見つけ出し、殺すしかない」“学級裁判”というルールが存在しないコロシアイ。殺すか殺されるか、極限状態のデスゲームに、苗木たちは追い詰められていく。希望が希望を殺す絶望の物語が始まる。
あらゆる分野の超一流の高校生を集めて、育て上げるために設立された、政府公認の特権的な学園「私立希望ヶ峰学園」。この学園には、超高校級の才能が集まる「本科」と、高い学費を払えば誰でも入れる「予備学科」が存在していた。才能だけではなく、性格も個性的な本科77期生。しかし彼らは才能のみに固執することなく、「人生に大切なことは才能ではなく、人との関わりで人格を磨き、思い出を作ることである」ということを学び、それぞれ普通の高校生らしく学園生活を謳歌していく。しかし、水面下では謎のプロジェクトの遂行、学園による学科差別が横行していた。そして、才能を渇望した予備学科の少年・日向創。彼に起こる運命的な出会いが、学園を、未来を予測もつかない方向へ導いてしまう。これは、人類史上最大最悪の絶望的事件に至るまでの物語。絶望で終わる、希望の物語。