地球軍独立艦隊司令官、ウォーリアス・ゼロ。ゼロの元に、総司令官より、かつてドクロの旗のもと共に戦った親友・ハーロック率いる宇宙海賊討伐の命が下される。機械化人と敵対し海賊行為を繰り返すかつての友を討つのは正しいことなのか?機械化人に支配されている今の地球を守ることは正義なのか?…果てしなく広い宇宙は彼に何をもたらすのだろうか?様々な想いを胸に、今、ゼロの旅が始まる!
小惑星帯で巨大なパワーを持つ「オールスパーク」を発見したオプティマスプライム達はメガトロンに襲われ、ある惑星に不時着する。50年後、コールドスリープから目覚めたオプティマスプライムは人間のサリと友人になる。今、オートボットとディセプティコンとの新たなる戦いの幕が開く!!
長年争いを続けてきた正義・悪魔・完璧の各超人軍による三属性超人不可侵条約が締結され、ついに全宇宙に真の平和が訪れた…はずだった。ところがその条約撤回を求め、謎の襲撃をかけてきたのが完璧超人軍のエリート集団“完璧・無量大数軍(パーフェクト・ラージナンバーズ)”。この不測の事態に主力を欠く正義超人軍からキン肉マンとテリーマン、そこにバッファローマン率いるかつての宿敵・7人の悪魔超人までもがサプライズ参戦し、世界各地で激しい団体対抗戦を展開!だが“真の完璧超人”を自称する者たちの力は強力無比で、正義&悪魔陣営は死傷者続出!?さらに完璧・無量大数軍の第二陣まで到着し、抵抗もここまでか…というところでしかし、ロビンマスク、ラーメンマン、ブロッケンJr.、ウォーズマン、待ちに待った正義超人軍の主力組がその姿を現した! 熾烈な団体対抗戦の第2ラウンド、いざ開幕!!