西暦2030年、日本。情報ネットワーク化が進む中、犯罪を一掃する攻性組織が設立された。内務省直属独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」だ。彼らの任務は、電脳犯罪への対処、要人警護、政治家の汚職摘発など多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課はネットに潜む犯罪に立ち向かう!
世界最高峰の探偵養成学校BLUEで天才と呼ばれながら、ある致命的な“欠陥”を抱え、探偵の資格を剥奪された鴨乃橋ロン。不遇の歳月を過ごした彼の運命は、警視庁捜査一課の一色都々丸――通称「トト」との出会いによって大きく変わる。謎を解くロンと、捜査に動くトト。難事件を次々と解決する二人は、次第に名コンビとなっていく。そんなロンの行動に目を光らせるBLUEの内部には、彼の理解者もいた。その一人である校長のエメリッヒは、ロンを追放するきっかけとなった「血の実習事件」が何者かに仕組まれたものだと語る。裏にいたのは、数多くの未解決事件に関わる「史上最悪の犯罪一族」――M家だった。当主の名は、マイロ・モリアーティ。彼はロンにさらなる絶望を与えるため、妹のウィンターを日本に送り込む。ロンとマイロ、両者の間にある因縁とは……!?
ただ真っ直ぐに、憧れたものを追い続けて──はるか昔。この世界には、エルフ・ドワーフ・吸血鬼・ホムンクルス・人間など、数多の種族が存在していた。争いの絶えないヒエラルキーの頂点は『ドラゴン』。しかし長い時を経て『ドラゴン』は消え、残った種族たちも共存を選び、時代を重ねるごとに僅かな外見的特徴を残して皆ほぼ人間と変わらない姿となった。2×19年、東京。平穏になったと思われた現代。それでも犯罪がなくなったわけではない。かつて存在した『ドラゴン』に心酔し、その力を欲するあまり凶行に走る組織――『ナイン』。彼らは凶悪事件を引き起こし、現在の世界をつくり変えようと画策していた。『ナイン』に対抗するため、各分野のエキスパートを集めた対策室が警視庁で組成される。その名は『警視庁 特務部 特殊凶悪犯対策室 第七課――通称トクナナ』。個人の能力はずば抜けて高いものの、「はぐれ者集団」「ごくつぶし集団」とも噂されていた。そんなトクナナに、新たに所属することになった ルーキー・七月清司。個性溢れるメンバー達に翻弄されながら、持ち前の明るさと真っ直ぐさでナイン事件の解決に挑んでいく。次々と起こる難事件の中で、彼は自分の信じる正義を見つけられるのか――。
舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発生した“同時多発無気力症”による災害から復興を遂げた未来型新興都市である。高校生の神郷慎(カンザト シン/17歳)は、弟の洵(ジュン/14歳)と共に、長男で綾凪市の若き警察署長である諒(リョウ/28歳)と10年ぶりに再会する。その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われていた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。兄弟達の運命の歯車が今回り始める――。
東京――『暁特区』。国から捨てられ、無法地帯となった街を守るのは、神を封じたタトゥーを宿す者たち ――スカードだった。様々な困難が『ヘリオス』『アルテミス』『公安特務』に襲いかかり、ぶつかり合いながら乗り越えていく。いつしか彼らを繋ぐ絆は憎しみや怒りではなく信頼へと形を変えていく。「プレイタの傷」は彼らが背中を預け合える仲間になるまでの物語である