20世紀初頭。突如出現した異形の敵「ネウロイ」は次々と人類の街を侵略していった。それに対抗できる手段はただ一つ、魔力を持った少女(ウィッチ)のみ。彼女たちは、自らの体に兵器(ストライカー)をまとい、空を舞いネウロイに戦いを挑む。ネウロイの侵略に窮地に追い込まれた人類に残された希望、それは世界各国から最前線ブリタニアに集められ組織された第501総合戦闘航空団。空を駆ける戦乙女。救国の英雄。民衆の憧憬と賞賛を一身に受けて戦う。彼女たちはいつしかこう呼ばれるようになっていた ―― 「ストライクウィッチーズ」と。
「アズールレーン」の少女たちは、世界の外より訪れた謎の敵「セイレーン」の大攻勢を退けた。しかし、戦いはいつの世も変わることはない。かつて人類が海の覇権を争ったのと同じように、理念の違いから「アズールレーン」と「レッドアクシズ」は対立。そして時は流れ――
《ハンドレッド》―それは地球を襲う謎の生命体《サベージ》に対抗できる唯一の武器。《武芸者(スレイヤー)》を目指すため、海上学園都市艦《リトルガーデン》に入学を果たす。だが―なぜか自分のことをよく知るルームメイト、エミール・クロスフォードに、どこか懐かしい違和感を覚えるハヤト。さらに入学早々、学園最強の武芸者《女王》クレア・ハーヴェイから決闘を申し込まれてしまい……!?箕崎准×大熊猫介(ニトロプラス)がタッグを組んだ、《究極》の学園バトルアクション、ここに開幕!
突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。操るのは、アニマという操縦機構。それは――少女の姿をしていた。鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。
21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」その言葉に従って、謎の女性・紫東遙とVTOLで東京を脱出しようと試みた綾人は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体内へと入っていく。ついに目覚めのときがきた。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォンは、そのまま東京から飛び去っていった。外から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星のような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の存在MUに占拠された首都は、不思議な膜に閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられていた。しかも外部には、12年も先の時間が流れていたのだった…。東京を支配する「青い血」の人間とは何者か?綾人とラーゼフォンには、どんな関係があるのか?そして真実の世界で、綾人を待ち受ける運命は何か?
1930年代、欧州を中心に突如出現した人類の敵「ネウロイ」。通常の兵器による破壊が困難なネウロイに対抗できるのは、ウィッチと呼ばれる、特殊な魔法力を持った少女たちだけだった…。「ブレイブウィッチーズ」は「ストライクウィッチーズ」第1期と第2期の間の物語。1944年9月、第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」を中心とした連合軍の活躍で、ガリア共和国上空のネウロイの巣が消滅、欧州西部の安全が確保された。これを機に、連合軍は本格的に欧州中央~東部方面への反抗作戦を計画。オラーシャ帝国ペテルブルグに基地を構える、第502統合戦闘航空団「ブレイブウィッチーズ」にも出撃の命が下されようとしていた。人類の希望を背に、勇気あるウィッチ達が、東欧の寒空を駆け巡る。
突如、出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。扶桑皇国から欧州に派遣された主人公の宮藤芳佳は、各国から集められたエース達と共に見事ガリア地方のネウロイ撃退に成功し、かけがえの無い大切な仲間を得た。TVアニメ1期での第501統合戦闘航空団、通称『ストライクウィッチーズ』の活躍から半年、平和な日々が続いていた欧州に突如ネウロイが出現した! ネウロイの脅威に怯える欧州を守るため、『ストライクウィッチーズ』は再び空へ舞い上がる!
突然の空港火災。巻き込まれてしまった小さな少女は、炎の中でただ、涙することしかできなかった。しかし、痛みと苦しみに瞳を閉じかけたその時。炎を貫いて現れたのは、自分よりもほんのいくらか年上なだけの、ひとりの少女だった。管理局の魔導師。炎も、障害も、すべてを貫いて自分を助け出してくれた年上の少女の姿に、小さな少女はまた涙した。それは悲しみや痛みの涙ではなく無力な自分と、痛みと苦しみを前に、なにもできない自分の弱さへの涙だった。小さな少女は心に決めた。「強くなる」ことを。4年の時が過ぎ、小さな少女の手足と背丈は、あの時出会った年上の少女と同じくらいには伸びていた。小さな少女はいくらか前、あの時自分を助けてくれた年上の少女の名前を知った。「高町なのは」それは、管理局航空部隊のエースオブエース。雲の彼方、空の向こうよりまだ遠い、星のような存在だった。しかし、小さな少女はもう決めていた。空を飛ぶことができなくても、星にたどり着くことができなくとも。自分の足で大地に立って自分の腕で、空に向かって、星に向かって手を伸ばすこと。小さな少女は、空を見上げる。スバル・ナカジマ、15歳。憧れに向かって、前に進むために。
それでも人は己に言い続けなければならない考えろと―――油泥海に囲まれた小さな島、尖端島(せんたんとう)。70年前の戦争で南大陸自由圏に吸収されたこの島で、アキユキは母と二人暮し。父親は現在別居中で、小さな診療所を一人で営んでいる。ある日、アキユキは親友のハルやフルイチと通学中、共に爆破事件に巻き込まれる。爆発によって生まれた謎の光を腕に受け、アキユキはザムドと呼ばれるバケモノに変身してしまう。自我を失い、暴走するザムドの元に現れたのは、赤い髪をした異国の少女、ナキアミだった・・・・・・。ナキアミはザムドの暴走を止め、国際郵便船ザンバニ号へとアキユキを連れ帰る。ザムドの力を制御できるようになることと、いつか尖端島に戻ることを目的に、アキユキはザンバニ号の仲間と世界を巡っていくのだった。
産業革命時代の雰囲気を色濃く残した世界、プレステール。そこに住むクラウス・ヴァルカは、父の残したヴァンシップ(小型飛行艇)を使って、幼なじみのラヴィ・ヘッドとともに空の運び屋をしていた。彼らの夢は、父達が越えることのできなかった、はるか上空の巨大な嵐・グランドストリームを越えること。だがある日、謎めいた少女アルヴィス・ハミルトンを空中戦艦シルヴァーナに送り届ける依頼を受け継いだことから、彼らは、世界を揺るがす戦いに巻きこまれてゆく。大いなる風と雲の海が広がる世界、プレステール。はるか上空を吹き荒れる巨大な嵐、グランドストリーム。プレステール上で対峙する二大国家、アナトレーとデュシス。いま、激動と波乱の物語の幕が開ける!