物語の舞台は海岸沿いにある「舞網市(まいあみし)」。デュエルの技術が突出して進歩している。その理由は赤馬零児が社長を務めるレオ・コーポレーションの存在。同社が開発した「質量を持つ立体幻影(ソリッド・ビジョン)」の普及により、舞網市で「アクションデュエル」が生まれ、世界中で人気を博している。子供たちはスター的存在であるプロデュエリストに憧れ、主人公・遊矢たちが通う「遊勝塾」や最大手「LDS(レオ・デュエル・スクール)」といった大小さまざまな規模の塾に通い、召喚法やデュエルスタイルなどを学んでいる。そんなある日、遊矢はプロデュエル界の現役チャンピオンとエキシビジョンマッチで戦うことになるのだが……?
「風華学園」から奨学金を受けることのできた鴇羽舞衣は、弟の巧海とともに転入することになった。学園生活を始めた舞衣だったが、異形のモンスター「オーファン」に襲われる巧海を救おうとした時「HiME」と呼ばれる特殊能力に目覚め、「HiME」や「オーファン」にまつわる事件に巻き込まれていく。
女性恐怖症の高校生、佐々木雪成。彼はある日突然、女の子ばっかりの世界に飛ばされてしまう。その世界は、青い森の都「セーレン」。そこで、彼は不思議な美少女「ミハル」と出会う。「ミハル」とともに、現代世界に戻ってきた雪成であったが・・・。
「思い出して、翅(はね)があったころのことを」1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる――!湘南の海に浮かぶ小島、江の島。美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。学園には、全国から優秀な子どもが集められ、最新の機器を使った英才教育が施されていた。特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ――。「想星合体!GO、アクエリオン!」繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。宿命を背負った少年少女は、得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。
時は現代。夏休みのある日。大阪の下町、アベノ橋商店街に住むサッシとあるみは幼なじみ。昔ながらの商店街は再開発で立退きの憂き目にあっており、風呂屋を営んでいたサッシの家も取り壊された。あるみ一家も北海道に引越しを考えてると聞き、ガクゼンのサッシ。しかし頑固に反対する雅ジイ(あるみの祖父)がいた。そんな中、ふとしたことから二人はお互いの店に商店街の四方を護る四神獣が奉られていることを知る。それは商店街のはずれにある晴明神社に、何か深い関係があるようだ…?だがあるみの店のシンボル「ペリカン」(実は四神獣の朱雀)を雅ジイが事故で壊してしまう。いよいよ立ち退きが決まったその夜、奇怪な出来事が起こりはじめた。翌日、サッシとあるみは、晴明神社から不思議な世界へ迷い込んでしまう…。そこは…いつもの商店街とはガラリと違う、まるで常識が通用しない魔法商店街だった!?一体どうして??どうすれば元の世界に帰られるの!?
女子高生の大堂寺繭良は「燕雀探偵社」の探偵で、ロキという少年と知り合い、押しかけ助手になってしまう。ロキは実は人間ではなく、神々の世界での素行の悪さを咎められ、最高神オーディンによって人間界に追放された北欧の邪神ロキが化身した姿だった。繭良とロキをどんな事件が待ち受けているのだろうか…?
小学5年生の神原拓也は、弟の誕生日の日に携帯へ“未来を決めるゲーム”という謎のメールを受け取る。直感的にそのメールに何かを感じた拓也は指示通り駅に向かった。その途中、同じメールを受け取った謎の少年と共に、拓也は地下にある謎の電車へと乗り込む。電車の中には卓也のほかに、織本泉、柴山純平、氷見友樹という3人の子供たちも乗っていた。やがて電車は異世界であるデジタルワールドへと到着する。電車の正体はトレイルモンというデジモンだったのだ。到着した場所で眠っていた火のスピリットに選ばれた拓也は、火の闘士・アグニモンへと“スピリットエボリューション”する。デジモンへと進化する能力を手に入れ、伝説の十闘士の一人となった拓也。こうして泉、純平、友樹に加えて、そこで出会ったボコモンとネーモン、そして謎の少年・源輝二と共に、デジタルワールドを旅する冒険が始まる。
デビルの遺伝子「デビゲノム」を受け継いだ「運命の子」刹那(セツナ)と未来(ミライ)が、地上に平和を取り戻すため、大魔王ルシファーの野望に挑む!たくさんのデビルたちを仲魔(仲間)にして、「マカイ」で大バトルだ!!
赤淵の炎に飛び込んだ人皇すなわち人間界の皇帝・盛霊淵(ション・リンユエン)。それから悠久の時を経て、彼は何者かに「千霊法陣」という術を使って現代へと呼び覚まされた。現代には、その存在を一般に知られていない特殊能力者がおり、特殊能力で起こった事件は特殊能力者の自治組織である異常現象・特殊個体対策センター(異対センター)が秘密裏に処理することで、その均衡が保たれている。異対センターに就職した第36代目の赤淵の炎の守護者・宣璣(シュエン・ジー)は、センター入り初日から善後班の班長代理として盛霊淵が復活した事件を担当することとなったのだが――
本当のあなたは誰ですか?昼も夜もなく、一日中夕暮れに染まっている「黄昏ホテル」。そこは、あの世に行くか現世に戻るか、行き先を決めかねている魂たちが羽を休めるために存在する生と死の狭間のホテル。主人公・塚原音子は、自分が何者なのかどうしてここにいるのか、記憶を想い出せないまま「黄昏ホテル」に彷徨いつく。従業員の先導で、宿泊部屋に案内されることに。「部屋にはお客様の記憶にまつわる品があるはずです。それを手がかりにお客様の記憶を取り戻すことができるかもしれません。」現世に帰るために探索し自分を想い出していく中、とある事件に直面するーー