コンビニからの帰り道、突如として異世界へと召喚されてしまった少年、菜月昴。目の前に広がるファンタジーな異世界に目を輝かせるスバルだったが、自分を召喚したであろう美少女の姿はどこにも見当たらない。やがて右も左もわからない状況にスバルは頭をかかえてしまう。さらに強制イベントと言わんばかりにチンピラに絡まれ、異世界に招かれた人間が超常の力を発揮するといったお約束の展開もなく、容赦なく叩きのめされるスバル。そんなスバルの前に一人の少女が現れ……。
幼馴染・小舟潮の訃報を聞いた網代慎平は、2年ぶりに故郷に帰ってきた。しかし、親友・菱形窓は「潮の死には不審な点があり、他殺の可能性がある」と慎平に告げる。翌日、慎平はある不吉な噂を耳にする。
襲い来るエルザたちの猛攻を退け、大兎との戦いでベアトリスとの契約を果たした「聖域」の解放から1年が過ぎた。王選に臨むエミリア陣営は一致団結、充実した日々を送っていたナツキ・スバルだったが、平穏は使者によって届けられた一枚の書状によって終わりを告げる。それは王選候補者の一人、アナスタシアがエミリアへ宛てたルグニカの五大都市に数えられる水門都市プリステラへの招待状だった。招待を受け、プリステラへ向かうスバルたち一行を待っていたのは様々な再会。一つは意外な、一つは意図せぬ、そして一つは来るべき。水面下で蠢く悪意の胎動と降りかかる未曾有の危機。少年は再び過酷な運命に立ち向かう。
大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんなどこにでもある日常。市立見滝原中学校に通う、普通の中学二年生・鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い――それは、新たなる魔法少女物語の始まり――
玄野計は、ちょっと斜に構えていて無気力、女の子の事位しか考えていない16歳の高校生。ある日、地下鉄のホームで小学校時代の同級生・加藤勝が、線路に落ちた男を助けようとする現場に遭遇し、そのまま加藤とともに電車ではねられる。即死…と思われた二人は、瞬時にしてマンションの一室に移動する。そこには巨大な黒い球体と、玄野たちと同様に「死んだはずの」人間が集まっていた。「ガンツ」と呼ばれる球体は、玄野たちに武器を与え、宇宙人と戦うというミッションを課せるのだった。宇宙人の正体、この世界の謎、明らかにオーバーテクノロジーな武器、他の人間に姿が見えない事、消えた自分たちの死体……。そして、全てが謎の玉「ガンツ」とは……?
変わり果てた東京卍會を救うため、12年前にタイムリープして黒龍との聖夜決戦を勝利に導いた花垣武道(タケミチ)。裏切り者の稀咲鉄太を除名することにも成功したが、なぜか現代の状況は悪化する一方だった。決意を新たに再びタイムリープしたある日、東京卍會は天竺と名乗るチームの襲撃を受けてしまう。混乱するタケミチの前に現れたのは、天竺の特攻服を纏った稀咲だった。東卍史上最大にして“最後”の抗争に向けて、人生のリベンジは続く!