全ての命の源-グラン・レイク。その聖なる湖で、連邦とトゥラン王国が砲撃戦を開始する。圧倒的な艦隊戦力で全世界の制圧を目指す連邦を前に、壊滅寸前に陥るトゥラン。逃げ場のないトゥランの王女たちが見たのは、小型ヴァンシップ“ヴェスパ”に乗った空族の少女・ファムだった。「これより貴殿の旗艦を、この戦場より盗み出さん!」対空砲火が飛び交う中、ファムのヴェスパは大空を舞う。侵略を続ける連邦総統ルスキニアの目的は?そして、謎の力「エグザイル」とは?今、激動の大航空冒険活劇が幕を開ける!!
「黄金の種族」の呼びかけに各種族は応え、宇宙への進出を果たした。最後に進出を果たした人類は「鉄の種族」と呼ばれた。時は流れ、人類は「銀の種族」らの脅威にさらされ、存亡の危機を迎えていた。人類存続をかけて旅立った王女・ディアネイラは、エイジと出会う。そして、この出会いが宇宙の運命を変えてゆく…。
地球軍独立艦隊司令官、ウォーリアス・ゼロ。ゼロの元に、総司令官より、かつてドクロの旗のもと共に戦った親友・ハーロック率いる宇宙海賊討伐の命が下される。機械化人と敵対し海賊行為を繰り返すかつての友を討つのは正しいことなのか?機械化人に支配されている今の地球を守ることは正義なのか?…果てしなく広い宇宙は彼に何をもたらすのだろうか?様々な想いを胸に、今、ゼロの旅が始まる!