山間の「乙橘学園」に通う女学生・来栖川姫子と姫宮千歌音、そして姫子に恋する大神ソウマの3人は平和な学園生活を謳歌していた。しかし16歳の誕生日をむかえた姫子の身体に異変が起きる!さらに姫子を狙う敵・オロチ衆が襲来し、学園は壊滅状態に陥ってしまう!実は姫子こそ、古代の邪神ヤマタノオロチを封印した“陽の巫女”の生まれ変わりだったのだ。そして、自らのオロチの血に覚醒してしまったソウマだったが、愛する姫子を守るため自ら呪縛を解き、凶悪なオロチ衆達との戦いを決意する!そんな二人を見守る千歌音にも、重大な秘密が隠されていたのだった!!
紅葉と共に桜が咲き誇るシキザクラの地――現世と異界の交わる特別な場所で、人の世を救うための儀式が行われようとしていた。高校生『三輪 翔』は、隠世(かくりよ)から現れ人を喰らう『オニ』と、パワードスーツとの争いに巻き込まれる。人に取り憑き現世に顕(あらわ)れようとするオニ。人々をオニから守ることができるのは、古代の秘術と最新技術が融合したパワードスーツ『ヨロイ』のみ。翔は、ひょんなことからパワードスーツに乗りこみ、オニと戦う組織『シロ組』のイレギュラーなメンバーとなる。ヒーローとなる決意をした翔は、巫女である『明神 逢花(ミョウジン オウカ)』を護りオニと戦う。シキザクラの季節。紅葉と桜吹雪の中で、逢花は巫女として舞う。過去と未来、現世と異界、想いと願いが交差する、活劇英雄譚(ヒロイックアクション)、ここに開幕!
「風華学園」から奨学金を受けることのできた鴇羽舞衣は、弟の巧海とともに転入することになった。学園生活を始めた舞衣だったが、異形のモンスター「オーファン」に襲われる巧海を救おうとした時「HiME」と呼ばれる特殊能力に目覚め、「HiME」や「オーファン」にまつわる事件に巻き込まれていく。