現在より少し、未来の話。サポートアイテム・エクストリームギアを駆使して遊ぶ「ハイパースポーツ」は子供から大人まで様々な層に人気のホビー競技。そんなハイパースポーツとはなんの縁もなかった高校生歌手、葉山陽和に訪れたある事件と出会いをきっかけに、物語は動き出す。「これは私たちが、最高の仲間と出会っていく物語」
元掛川高校のキャプテンでありイタリア名門チームでも活躍した“世界の闘将”神谷篤司。今は弱体化した掛川高校に通いサッカー部と距離を置こうとする辻秀人。2人が出会う時、新たな伝説の幕が上がる―。
1986年、横須賀。芭月道場で生まれ育った芭月涼は、厳格な父のもとで芭月流柔術の腕を磨いていた。しかしある日、謎の男・藍帝に父を殺され、父が守っていた『鏡』を奪われてしまう。必ず事件の真相を解き明かすと決意する涼。しかし父の過去に通じる手がかりを追い求めるうちに、闇組織の抗争に巻き込まれてゆく……。横須賀から香港を舞台に、涼の長い旅が今始まる!
サッカーが帰ってきた――セカンドステージ・チルドレンとの戦いに勝利し、現代へと帰ってきた雷門イレブン。サッカー禁止令は解除され、自由にサッカーを楽しめる世界が戻っていた――。そんな天馬たちの新たな戦いが始まる!それは、少年サッカー世界一を決める大会『フットボールフロンティア・インターナショナルV2(ビジョンツー) 』。世界の頂点を目指す日本代表メンバーが選ばれるその日、天馬たち雷門イレブンを含め100名以上の候補者が緊張と興奮に沸き立つ中、日本代表監督に就任した黒岩流星監督から新生イナズマジャパンのメンバーが発表された!そのメンバーとは…天馬、剣城、神童以外の8名は見たことも聞いたこともない名もなき選手ばかり――しかし、驚くのはそれだけではなかった!なんと、代表に選ばれた選手8名は誰もがサッカー経験ゼロの初心者ばかりだったのだ……謎に包まれた代表選考。黒岩の思惑とは一体!?新生イナズマジャパン結成に秘められた衝撃の真実とは!?日本最強のド素人集団を率いる天馬の、世界一を懸けた熱い戦いが幕を開ける!
本田吾郎(ほんだごろう)、5歳。プロ野球選手の「おとさん」(父)・茂治(しげはる)と二人暮らし。吾郎は、おとさんと野球が大好き。おとさんのような「すごいピッチャーになる」のが夢だ。そのためにも、おとさんに言われたトレーニングをコツコツと続けている。そんな吾郎をやさしく見守っているのは、保育園の桃子(ももこ)先生。野球の相手をしてくれたり、おとさんの遠征中には夕食を作ってくれたりと、吾郎にとっては、死んだ「おかさん」(母)の姿がかさなってみえる、あたたかい人。おとさん・茂治は、一軍半のプロ野球選手。甲子園で活躍し、期待されてプロに入ったけれど、ケガに泣かされてなかなか実力を発揮できないまま。ようやく腰のケガがなおって、さあ、これからというときに、またヒジをいためてしまい……。
主人公、風祭将は、サッカーが大好きな中学生。夢はJリーガーとなり、世界でプレーすること。元はサッカーの名門校である武蔵森学園に通っていたが、そこでは3軍の選手であった。武蔵森では背が小さいことでプレーできないことを知った風祭将は武蔵森を退学、サッカーをやりたい一心で桜上水中学に転校するが、武蔵森からエースが来たと誤解され、皆の前から姿を消す。実は風祭将はサッカーがあまり上手くなく、小柄であったため、武蔵森では活躍できる場がなかったのだ。しかし、桜上水中学の水野やシゲ、不破といった仲間たちやライバルたちと戦うにつれ、次第にサッカー選手としても人間としても成長を遂げていく。
下手だけどサッカーが大好きな少年・大田翔。だが、所属する6年生チーム・桃山プレデターは人数不足のために解散状態。落ち込む翔だったが、持ち前の情熱でクセの強い仲間を集めてプレデターを再結成、銀河一のチームになるために進み始める。
西暦2XXX年。地球に落下してくる無数彗星の被害を抑えるため、人類は天体危機管理機構を設立、地球に落ちそうになった彗星を破壊する部隊・コメットブラスターを配置した。そして、彼らが撃ちもらした彗星を地上から撃破する部隊・メテオスイーパーには、コメットブラスターを目指す若者たちの姿があった…。
北アルプス山中で母犬・桜と貧しいながらも穏やかな日々を過ごす主人公:秋田犬ウィード。しかし、幸せな日々は長くは続かなかった・・・。母:桜が病に倒れてしまったのだ。なんとウィードは、巨熊赤カブトを倒した奥羽軍団の総大将、勇気とカリスマを兼ね備えた伝説のオトコ「銀」の一人息子であるというのだ。父の偉大さを知ったウィードは、まだ見ぬ父に会うため偶然出会ったイングリッシュセッターのGBとともに遠く奥羽へと旅立つことを決意する。勇気一つを胸に秘め、ウィードの冒険が今始まる!!
中学3年生になった吾郎が、4年ぶりに三船町へ戻ってきた!リトルリーグ時代のチームメイト・小森たちとの再会もつかの間、転校した三船東中学校の軟式野球部が、廃部寸前の危機にあることを知る吾郎。だが、野球部のキャプテンをつとめる小森が苦労する姿を横目に、吾郎はサッカー部に入る。その理由とは…?その後、野球部に入り小森たちとプレイを共にすることになった吾郎は、幼なじみ・寿也と意外な形で再会。そして、中学を卒業した吾郎と寿也は、一緒に野球の名門・海堂高校へ入学。離れ小島の三軍というどん底からはい上がり、一軍昇格を目指す!