本当のサッカーを取り戻すため、サッカー管理組織「フィフスセクター」の意向を覆す試合を続けてきた天馬たち雷門イレブン。さまざまな妨害や困難な壁を乗り越えて、ついに雷門イレブンはホーリーロード全国大会で優勝を果たした。そして、フィフスセクターが解散されたいま“管理されたサッカー”は終わりを告げ、サッカーを愛する子供たちが自由にプレイできる世界となった。しかし、それから3ヶ月――。豪炎寺に頼まれた沖縄での「サッカー教育プログラム」の支援活動を終えて、久々に雷門中に戻ってきた天馬は、足早にサッカー部のメンバーに会いに行く。ところが、天馬の知らないところで、雷門中に不思議な事態が起こっていた。グラウンドは野球部が占拠し、サッカー棟からはサッカー部が消えてしまっていた。一体これは!? とにかく部員を探そうと歩きまわる天馬は、ついに神童を見つける。ところが神童はサッカー部なんて存在しないと言い放ち、さらに他のメンバーまでも、サッカー部のことを知らないばかりか、天馬とも初対面のように振る舞う。みんながサッカーのことを忘れてしまっていると落ち込む天馬の前に「アルファ」と名乗る謎の少年が現れる。「お前からサッカーを消去する」と告げるアルファ。そして、天馬はアルファにより異次元の空間に連れ去られる。その先で、天馬は驚きの光景を目撃する・・・アルファはなぜサッカーの存在を消去しようとするのか!?多くの謎が交錯する中、サッカーを守るため時空を超えた天馬の戦いがはじまる――!
物語の舞台は海岸沿いにある「舞網市(まいあみし)」。デュエルの技術が突出して進歩している。その理由は赤馬零児が社長を務めるレオ・コーポレーションの存在。同社が開発した「質量を持つ立体幻影(ソリッド・ビジョン)」の普及により、舞網市で「アクションデュエル」が生まれ、世界中で人気を博している。子供たちはスター的存在であるプロデュエリストに憧れ、主人公・遊矢たちが通う「遊勝塾」や最大手「LDS(レオ・デュエル・スクール)」といった大小さまざまな規模の塾に通い、召喚法やデュエルスタイルなどを学んでいる。そんなある日、遊矢はプロデュエル界の現役チャンピオンとエキシビジョンマッチで戦うことになるのだが……?
孫策伯符率いる南陽学院と頭首・劉備玄徳の成都学園が同盟を組み、魔王・曹操孟徳の許昌学院に戦いを挑んだ「赤壁の戦い」。それは孫策たちの勝利に終わり、魔王の魂も闇の世界へと消え去った。だが戦いの跡地、誰もいなくなった廃工場に復活するひとつの影――。数日後、許昌学院に上半身ジャージ姿でリュックを背負い、髪をアップに束ねた一人の女子高生が向かっていた。許昌学院に着いた彼女は、たむろしている闘士に尋ねる。「お兄サン、退屈してんの?だったらアタシとヤル?」油断している闘士たちを倒し、曹操のもとへ案内するよう詰め寄る少女。次々と現れる許昌の闘士を薙ぎ倒しながら放送室を占拠した彼女は名乗った。「ボクは涼州高校一年、馬超孟起! ボクと勝負しろ、曹操孟徳!!」闘士たちの運命の歯車が再び動き始めた今、新たな戦いの幕が上がる――!
第六天魔王・織田信長との天下二分の死闘の後―。武田と上杉、両軍は川中島で激しい攻防を繰り広げ、その一方で、宿命に結ばれし蒼紅伊達政宗と真田幸村もまた、勝負の刻を迎えていた。だがそこに奇襲の報。謎の大軍勢によって、武田・上杉・伊達の三軍は川中島の地に包囲されることになる。それは、日ノ本に再び大乱呼ぶことになる戦国の覇王・豊臣秀吉、その人の出現であった。世は再び、乱世となる―!!!
サッカーが帰ってきた――セカンドステージ・チルドレンとの戦いに勝利し、現代へと帰ってきた雷門イレブン。サッカー禁止令は解除され、自由にサッカーを楽しめる世界が戻っていた――。そんな天馬たちの新たな戦いが始まる!それは、少年サッカー世界一を決める大会『フットボールフロンティア・インターナショナルV2(ビジョンツー) 』。世界の頂点を目指す日本代表メンバーが選ばれるその日、天馬たち雷門イレブンを含め100名以上の候補者が緊張と興奮に沸き立つ中、日本代表監督に就任した黒岩流星監督から新生イナズマジャパンのメンバーが発表された!そのメンバーとは…天馬、剣城、神童以外の8名は見たことも聞いたこともない名もなき選手ばかり――しかし、驚くのはそれだけではなかった!なんと、代表に選ばれた選手8名は誰もがサッカー経験ゼロの初心者ばかりだったのだ……謎に包まれた代表選考。黒岩の思惑とは一体!?新生イナズマジャパン結成に秘められた衝撃の真実とは!?日本最強のド素人集団を率いる天馬の、世界一を懸けた熱い戦いが幕を開ける!
古く雅な王国パロは、辺境の武の国モンゴールの奇襲を受ける。パロの国王と王妃を殺害され、首都クリスタルは陥落。王太子レムスと双子の姉リンダは王宮に隠された古代機械によって、モンゴール軍の手を辛くも逃れたが、そこに待ち受けていたのは鬱蒼と広がる深い森ルード森。さらに追っ手に阻まれた二人の目の前に現れたのが、豹の頭をしたひとりの超戦士の姿であった……。
時は、後漢も末の頃――。この世は乱れに乱れておりました そんな中、力を蓄え、ひそかに野心を研ぎ澄ます者―― 己の力を試さんとさすらう者―― 守るべきもののために闘おうとする者―― そうした、様々な思いを胸にいだく者たちがあやなす運命の糸がからみ、結ばれる…… 乱れた世を平和にしようと立ち上がる関羽と張飛。そして、二人の志しに惹かれ集う乙女たち。彼女たちの新たな戦いが始まろうとしていた――
小惑星帯で巨大なパワーを持つ「オールスパーク」を発見したオプティマスプライム達はメガトロンに襲われ、ある惑星に不時着する。50年後、コールドスリープから目覚めたオプティマスプライムは人間のサリと友人になる。今、オートボットとディセプティコンとの新たなる戦いの幕が開く!!
やつらが血だまりの中からヒタヒタとやってきた!! 闇の拳闘集団「影道」はその悲願を達成すべく日本ジュニアに挑戦状を叩き付けた! さらわれた菊を救出すべく影道の塔に乗り込んだ竜児を待ち受ける刺客たち。そして始まる黄金の日本ジュニアと影道一族の最終決戦。そんな中、剣崎と瓜二つの影道総帥が現れた。果たして剣崎と総帥の秘められた過去とはなにか? 日本ボクシング界を揺るがす光と闇の闘いの行方は…!?