「14歳の春――僕は、君と走りはじめる」からっぽになった少年が一人の少女と出逢う。少女の、自由で情熱的な音楽の調べが、少年の止まっていた時間を突き動かす。11歳の冬――早熟の天才ピアニスト・有馬公生は母親を失ったショックから演奏をするとピアノの音が聴こえなくなるというトラウマを背負ってしまう。以来、少年は次第にピアノから遠ざかっていく。ピアノと母親を失った彼の日常はモノトーンのように色をなくしてしまっていた。そんなある日、公生を子供の頃から見てきた幼なじみ澤部椿は、あるクラスメイトを紹介する。クラスメイトの名前は宮園かをり。彼女はコンクールに出場するヴァイオリニストだった。楽譜を超え、自分なりのスタイルで課題曲を演奏するかをり。その奔放な演奏を見て、モノトーンだった公生の世界がカラフルに色づきはじめる。「暴力上等、性格最低、印象最悪・・・・・・でも、彼女は・・・・・・・・・美しい」。音楽が導くボーイ・ミーツ・ガール。情熱的なヴァイオリンの響きが、凍りついたピアノを融かしたとき、2人は豊かなハーモニーを奏でるのだ。
一度はヴァイオリンを封印した少年が出会った、新たな世界。高校のオーケストラ部を舞台に、個性豊かな仲間たちが情熱を音楽にのせて織りなす、青春のアンサンブルドラマ。
舞台はヨーロッパ。ある国の公益法人、社会福祉公社では“国のための仕事”と称し、様々な理由で少女たちが集められた。その少女たちは「条件付け」を施され「義体」として「暗殺」などの仕事に利用されていた。少女たちにはそれぞれを管理する諜報官の男たちがいて、少女たちを管理・命令し、戦わせるのであった。社会福祉公社によって自由な身体と仕事を与えられ少女たちは公社の施設と殺しの現場を行き来するのみの毎日ではあったが、少女たちはとても幸せであった。それが与えられた幸せであっても・・・。
星奏学院は音楽科と普通科が併設された伝統ある高校。普通科2年生の日野香穂子は、ある日、学院に住む音楽の妖精・リリに見出され「魔法のヴァイオリン」を託されてしまった。魔法のヴァイオリンを手に権威ある学内コンクールに挑む事になった香穂子だが、 コンクール参加者は、音楽科のエリートばかり。 香穂子を取りまく恋、友情、そしてコンクールの行方は…。