1999年、長野県松代にある日本のピラミッド“皆神山”にそびえたつ私立ヴァルトシュタイン学院。ここでは何かに引きつけられたかのように次々とオカルト現象が起こる。故に「オカルト学院」と呼ばれている。学長はオカルトの研究に人生をかけ、生徒たちも日々学業と研究に励んでいる。ある日父である学長が亡くなり、オカルトが大嫌いな一人娘の神代マヤが学院を訪れる。そこで2012年から来たと言う自称“タイムエージェント”で元・スプーン曲げ少年として名を馳せた内田文明と出会う。学院の中で起こる様々な怪奇現象に遭遇しながら、文明が1999年にタイムスリップしてきた真相が徐々に明らかになる。
西暦200X年。海上自衛隊の新鋭イージス護衛艦「みらい」が、南太平洋上で行われる米軍との合同演習に参加するため、横須賀基地から出航した。だが途中、正体不明の嵐に遭遇。嵐ののち、霧の中から現れたのは戦艦「大和」率いる連合艦隊・・・! 「みらい」は太平洋戦争の只中に降り立ったのだった。日米形勢逆転の転換点とも言えるミッドウェー海戦を目の当たりにした「みらい」は、己の立ち位置を知る。60年後の近代兵器を備えたその存在は、歴史を変えてしまうほどの脅威を持つ――。副長の角松洋介は、海上で遭難していた一人の海軍将校を救出した。男の名は草加拓海。「みらい」の中で戦争の結末と戦後の日本の在り様を知った草加は、帝国海軍少佐としてではなく、己が信念のために動き出す。狂い始めた歴史の歯車。草加は何をしようとしているのか?専守防衛を貫こうとする「みらい」が選ぶ道は?誰も見たことのない歴史が今、幕を開ける。
古くから営まれる街の喫茶店で、八坂が出会った年上の女子高生・あらし。自らを幽霊と称する彼女は、八坂と手をつなぐことで過去へと飛べる不思議な少女だった。いわくつきのマスター、あらしを追うグラサン男。八坂と同じ中学1年の上賀茂。そして、ドイツ人の少女・カヤ──…。ノスタルジック溢れる喫茶店・方舟を舞台に、少年と少女達の忘れられない夏休みが始まる!!