《無力な少年が手にしたのは、死して時間を巻き戻す"死に戻り"の力》コンビニからの帰り道、突如として異世界へと召喚されてしまった少年・菜月昴。頼れるものなど何一つない異世界で、無力な少年が手にした唯一の力……それは死して時間を巻き戻す《死に戻り》の力だった。幾多の死を繰り返しながら、辛い決別を乗り越え、ようやく訪れた最愛の少女との再会も束の間、少年を襲う無慈悲な現実と想像を絶する危機。大切な人たちを守るため、そして確かにあったかけがえのない時間を取り戻すため、少年は再び絶望に抗い、過酷な運命に立ち向かっていく。
舞台は2010年夏の秋葉原。厨二病から抜け出せない大学生である岡部倫太郎は、「未来ガジェット研究所」を立ち上げ、用途不明の発明品を日々生み出していた。だが、ある日、偶然にも過去へとメールが送れる「タイムマシン」を作り出す。世紀の発明と興奮を抑えきれずに、興味本位で過去への干渉を繰り返す。その結果、世界を巻き込む大きな悲劇が、岡部たちに訪れることになるのだが・・・悲劇を回避するために、岡部の孤独な戦いが始まる。果たして彼は、運命を乗り越えることができるのか!?
人生どん底のダメフリーター花垣武道(タケミチ)。中学時代に付き合っていた人生唯一の恋人・橘日向(ヒナタ)が、最凶最悪の悪党連合”東京卍會”に殺されたことを知る。事件を知った翌日、駅のホームにいたタケミチは何者かに背中を押され線路に転落し死を覚悟したが、目を開けると何故か12年前にタイムリープしていた。人生のピークだった12年前の中学時代にタイムリープし、恋人を救うため、逃げ続けた自分を変えるため、人生のリベンジを開始する!
幼馴染・小舟潮の訃報を聞いた網代慎平は、2年ぶりに故郷に帰ってきた。しかし、親友・菱形窓は「潮の死には不審な点があり、他殺の可能性がある」と慎平に告げる。翌日、慎平はある不吉な噂を耳にする。
2010年冬 β世界線―――主人公・岡部倫太郎が数々の苦難、悲哀を乗り越えた果てに「彼女」を救うことをあきらめてしまった世界線。失意の底にある岡部倫太郎。彼を心配する仲間たち。救われなかった「彼女」はどうなったのか?新たなキャラクターを迎えて描かれる「ゼロ」の物語。
青森で何十年もりんご農家を営む正蔵とイネは、周囲からおしどり夫婦と呼ばれるほど仲睦まじい。ある日、畑で見つけた不思議なりんごを食べてみた2人。次の日目覚めると、若い頃の姿に戻っていた!? かつてイケメンだった正蔵と美人だったイネ。若返ったその姿に、子供や孫たちをはじめ周囲の人々はビックリ。とんでもない奇跡を起こしながらも、正蔵とイネはマイペースに、じいさんばあさんらしく日々を過ごしていく。今までと変わらず夫婦二人仲良く、そして今まで以上にパワフルに――。
絶えず世界を侵食する異次元空間「影の世界」。その中でも最悪の災害と呼ばれる「影の迷宮」に人類は直面した。「デジール・アルマン」は仲間と共に「影の迷宮」最後のボス、破滅竜ボロミア・ナポールと対峙するも、世界は滅亡を迎えてしまう。全てが終わったと思った瞬間、デジールの目の前に広がる光景は…13年前の世界だった。自身の出身校でもある、帝国最高の魔法学園「へブリオン学園」の入学式まで戻ってきたデジール。きたる滅亡の未来を変えるべく、仲間たちを再び集めて世界を救うために立ち上がる!
蜂の怪異が去り、不死鳥の怪異は難を逃れた夏休みが終わり――新学期をむかえた阿良々木暦と少女たちのまわりには、ふたたび怪異、あるいは、それ以上の脅威が忍び寄っていた。羽川翼、八九寺真宵、神原駿河、千石撫子、忍野忍、そして戦場ヶ原ひたぎ。彼女たちの独白と告白―― そして別れ。新たな6つの<物語>が、いま始まる。
文久三年。倒幕派と佐幕派が世を二分し、刀の時代が終わりを告げた時代―――幕末。刀剣男士として顕現したばかりの堀川国広は、かつて同じ主の元で戦った和泉守兼定とともに、雨の山道をひた走る。刀剣男士は刀に宿る想いを審神者が励起させ、顕現させた『付喪神』。彼らの使命は、歴史を変えようと目論み未来から送り込まれる『時間遡行軍』を打倒し、“正しい歴史”を守ること。陸奥守吉行、薬研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸国永という新たな仲間を得た二振りは、動乱の時代で、時間遡行軍との戦いに身を投じることになる。振るう刃に映すは光か、影か。刀剣男士、いざ出陣。
本土から遠く離れた海に浮かぶ「浦島」 忘れられつつあるこの島に「タイムトラベラー」を自称するひとりの青年が流れ着く。その青年は、凛音、夏蓮、紗羅という3人の少女たちと出会い、やがて島の未来を変えるべく奔走をはじめる。排他的な因習と数々の謎を秘めた浦島をめぐる青年と少女たちの物語がひも解かれる――。