元掛川高校のキャプテンでありイタリア名門チームでも活躍した“世界の闘将”神谷篤司。今は弱体化した掛川高校に通いサッカー部と距離を置こうとする辻秀人。2人が出会う時、新たな伝説の幕が上がる―。
サッカーが帰ってきた――セカンドステージ・チルドレンとの戦いに勝利し、現代へと帰ってきた雷門イレブン。サッカー禁止令は解除され、自由にサッカーを楽しめる世界が戻っていた――。そんな天馬たちの新たな戦いが始まる!それは、少年サッカー世界一を決める大会『フットボールフロンティア・インターナショナルV2(ビジョンツー) 』。世界の頂点を目指す日本代表メンバーが選ばれるその日、天馬たち雷門イレブンを含め100名以上の候補者が緊張と興奮に沸き立つ中、日本代表監督に就任した黒岩流星監督から新生イナズマジャパンのメンバーが発表された!そのメンバーとは…天馬、剣城、神童以外の8名は見たことも聞いたこともない名もなき選手ばかり――しかし、驚くのはそれだけではなかった!なんと、代表に選ばれた選手8名は誰もがサッカー経験ゼロの初心者ばかりだったのだ……謎に包まれた代表選考。黒岩の思惑とは一体!?新生イナズマジャパン結成に秘められた衝撃の真実とは!?日本最強のド素人集団を率いる天馬の、世界一を懸けた熱い戦いが幕を開ける!
本田吾郎(ほんだごろう)、5歳。プロ野球選手の「おとさん」(父)・茂治(しげはる)と二人暮らし。吾郎は、おとさんと野球が大好き。おとさんのような「すごいピッチャーになる」のが夢だ。そのためにも、おとさんに言われたトレーニングをコツコツと続けている。そんな吾郎をやさしく見守っているのは、保育園の桃子(ももこ)先生。野球の相手をしてくれたり、おとさんの遠征中には夕食を作ってくれたりと、吾郎にとっては、死んだ「おかさん」(母)の姿がかさなってみえる、あたたかい人。おとさん・茂治は、一軍半のプロ野球選手。甲子園で活躍し、期待されてプロに入ったけれど、ケガに泣かされてなかなか実力を発揮できないまま。ようやく腰のケガがなおって、さあ、これからというときに、またヒジをいためてしまい……。
主人公、風祭将は、サッカーが大好きな中学生。夢はJリーガーとなり、世界でプレーすること。元はサッカーの名門校である武蔵森学園に通っていたが、そこでは3軍の選手であった。武蔵森では背が小さいことでプレーできないことを知った風祭将は武蔵森を退学、サッカーをやりたい一心で桜上水中学に転校するが、武蔵森からエースが来たと誤解され、皆の前から姿を消す。実は風祭将はサッカーがあまり上手くなく、小柄であったため、武蔵森では活躍できる場がなかったのだ。しかし、桜上水中学の水野やシゲ、不破といった仲間たちやライバルたちと戦うにつれ、次第にサッカー選手としても人間としても成長を遂げていく。
下手だけどサッカーが大好きな少年・大田翔。だが、所属する6年生チーム・桃山プレデターは人数不足のために解散状態。落ち込む翔だったが、持ち前の情熱でクセの強い仲間を集めてプレデターを再結成、銀河一のチームになるために進み始める。
神奈川県海猫市にある県立海猫商業高等学校、通称 “ ウミショー ” 。そこには、とっても破天荒で個性的な面々が集まる水泳部がある。カナヅチなのに何故かマネージャーの沖浦要(おきうら かなめ)らが練習をしていると、学校の目の前の浜辺に “ いかだ ” が漂着しているという知らせが !!冷やかし半分で見に行った要たちが目撃したのは、なんといかだの上に乗った一軒家、おっさん、そしてかわいい女の子 !!
中学3年生になった吾郎が、4年ぶりに三船町へ戻ってきた!リトルリーグ時代のチームメイト・小森たちとの再会もつかの間、転校した三船東中学校の軟式野球部が、廃部寸前の危機にあることを知る吾郎。だが、野球部のキャプテンをつとめる小森が苦労する姿を横目に、吾郎はサッカー部に入る。その理由とは…?その後、野球部に入り小森たちとプレイを共にすることになった吾郎は、幼なじみ・寿也と意外な形で再会。そして、中学を卒業した吾郎と寿也は、一緒に野球の名門・海堂高校へ入学。離れ小島の三軍というどん底からはい上がり、一軍昇格を目指す!
アメリカでのシーズンを終え、久々に帰国した吾郎は、野球の世界一を決めるワールド・カップの開催を知る。新たな目標を見つけた吾郎は、日本代表メンバーとしてワールド・カップに参加すべく動きだす!ライバルたちとの再会、寿也との黄金バッテリーの復活、世界の強豪たちとの闘いを目の前に結束してゆく日本代表…。吾郎にとって最大の挑戦がいま始まる!!
いよいよ念願のメジャーリーグ挑戦のため、単身アメリカへと渡った茂野吾郎。空港に着いたとたんにトラブルにあった吾郎を助けたのは、吾郎と同様にメジャーにいどむ大学生の八木沼だった。ふたりはメジャー球団、サーモンズのトライアウト(入団試験)に挑戦するが…。メジャーへの道に立ちはだかる高く厚い壁と苦闘する吾郎、そして目の前に現れた因縁のライバル。ますますヒートアップする吾郎の闘いの日々!!
血行障害のリハビリを終えた吾郎はチームに復帰。ホーネッツで多くのタイトルを獲得する主力クローザーとして大活躍。5年前のワールドシリーズでは念願のワールドチャンピオンに。しかし、肩を故障し再びリハビリ生活を送ることとなり、復帰は叶わなかった…。解雇された吾郎は日本に帰国。妻・薫は、家族4人で平穏な生活を望むが、吾郎はある決意を秘め、一人トレーニングを積んでいた。そして月日が流れたある日。吾郎は、子供たちにある「メッセージ」を伝えるために、オーシャンスタジアムに招待する…。