父は歌手、母は女優、兄は超人気バンド「クラッシャーズ」のボーカル。そんな超有名芸能一家に生まれた唯一の凡人・瀬名泉水(せな いずみ)は、超オタクな大学生。「魔法天使ララルル」を愛し、漫画家を目指して奮闘する泉水は、ある日どうしても断れずTVCMに出演することに。しかも正体を隠した女装で……!そのCM撮影の現場で、いまや超人気若手俳優・一条龍馬(いちじょう りょうま)と10年ぶりに再会した泉水だけれど…!?
「覚悟」を決めた笹原の明日はどっちだ!? 笹原完士は大学入学を機にそれまで秘めていた「漫画・アニメ・ゲーム」への思いを分かち合えるサークルへ入ることを決意した新入生。見学で訪れた「現代視覚文化研究会」=「現視研(げんしけん)」の2年生・斑目の策略により根拠のないプライドを崩された笹原だったが、未だ自分がオタクであることを認められないでいた。しかし、同人ショップや即売会など、そのモデル並のルックスに反比例したオタク・高坂、そして斑目たち「現視研」のメンバーと行動をともにしていくなかで、ココロを解放していった笹原はこの道に進む覚悟!を決めていく。高坂にベタ惚れな(非オタク)春日部咲やコスプレイヤー・大野など様々な人間も加わって、今日も「現視研」を舞台にした笹原のオタクライフはゆるりと流れるのであった。
2008年――謎の勢力の出現により、アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。秩序維持を担う組織『SSC』に蹂躙され、オタクは滅びたかに思われた――だが、封鎖されたアキバを奪還し、反旗を翻す者たちが現れる。若き革命者『オタクヒーロー』――何よりもオタク文化を愛し、誰よりもアキバを愛する男。そして彼を慕う3人の魔法少女たち――『アナーキー』『ブルー』『ピンク』。2011年の日本を舞台に、自由の旗のもとに集ったオタクたち――アキバ革命軍は、SSC首領『SHOBON』との壮絶な戦いに挑む。混沌も秩序も破壊して、好きなものを好きなだけ好きといえる世界のために。
西暦2019年、改元を目前とした日本。その上空に突如現出した異次元の裂け目。そこには天地逆転した異世界「真国日本」があった。かつての軍国主義を維持したまま、永世昭和の世を続ける並行世界は、現行兵器を無効にするガス兵器「幻霧」と巨大人型兵器「伽藍」を駆使し、私たちの日本を軍事的侵略。瞬時に政府を掌握し、事実上の征服を果たす。我らに「令和」という時代は訪れなかった......。―――それから十年後。真国の属国として生まれ変わった幻国・日本。厳しい検閲の中、かつて隆盛を誇ったマンガ、アニメ、アイドル等のサブカル文化は完全に死に絶えた......かに見えた。しかし、Otaku is not dead!サブカル文化を守るため真国に真っ向から抗う集団が存在した。その名も秘密結社「アラハバキ」。そして主力兵器「ガランドール」と、その動力源となり戦う少女たち。人は彼女たちを称してこう呼んだ…電池少女と…。
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ワルで頭の回転が速い人たらし・ハルと、気弱で人と話すことが苦手なパソコンオタク・ガク。正反対の二人は、中学時代のとある出来事を機に交友を深めていく。それから数年。大学生になり就職活動に励むガクは、その性格が災いし面接で全敗。本命であった大手企業・ドラゴンバンク本社の窓拭きバイトをしていたところ、ハルに一緒に起業しないかと持ちかけられる。「俺らのワガママは、世界一だ」この世の全てを手にいれるため、1兆ドルを稼いで駆け上がる、二人の超予測不能な起業サバイバルが始まる!