エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。右腕と左足を鋼の義肢「機械鎧(オートメイル)」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ・・・。
創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の2/3を失っていた。11年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器“神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。一方、人類は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、 “機械天使アクエリオン”が姿を現す。アクエリオンを動かすには、マシンの機械生命と感応、共鳴できる“エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それには特に鋭敏な五感や純真な魂が要求されるため、10代半ばの少年少女たちがパイロットとして集められた。そして、ついに“機械天使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。
島を出たとんぼの日常は目まぐるしく変化していく――。高校生となり、熊本での生活をスタートさせたとんぼは、練習場のジュニア生たちとコースでラウンドすることに。トカラで培った自由奔放なゴルフでコースを攻略していくとんぼに対し、1つ年上の実力者・ひのきも決死で応戦。激しい対決を繰り広げる。とんぼの潜在能力の高さに驚愕したコーチのハジメは、とんぼを5月の九州女子選手権に挑戦させることを決意する。島で一緒にラウンドしたつぶらや、熊本で出会ったひのきなど、新たなライバルたちとのゴルフを通じて、とんぼがさらに大きく羽ばたいていく!