京大医学部を目指す高校生の上終瓜生。児童養護施設育ちの瓜生は、京都にある縁結びの神社「甘神神社」の宮司に引き取られ、居候をすることに。そこで待っていたのは、夜重、夕奈、朝姫の巫女三姉妹との同居生活!さらに居候の条件は「婿養子として神社を継ぐ」こと!?三姉妹とのお見合い、甘神神社に降りかかる難題…瓜生は乗り越えることができるのか…?一つ屋根の下、巫女たちと紡ぐ奇跡のラブコメディ!
衝撃的なラストシーンで幕を閉じた第1期から6年後、選別者にとって狭き門である20階に居たのは、何度脱落しても「塔の王になる」と挑戦を続ける男・王野 成(おうじ なる)。莫大な受験料のために借金を抱える王野は、最後のチャンスとして再び試験に挑戦し、そこで圧倒的な強さを持つ謎めいた長髪の男・ビオレと出会うが、ビオレは塔の支配者であるザハードに対抗する犯罪組織「FUG」のスレイヤー候補であった。
神様を決める殺し合い「カミエラビ」は小野護郎(ゴロー)の消滅とともに休止となった。それから12年が経ち、当時の出来事は集団幻覚事件として世間で認知されていた。皆事件があったことは覚えているものの、その中心にいたゴローのことは存在すら覚えていない。小学生の小野螺流(ラル)は、母親すら存在を否定する兄、ゴローのことを唯一覚えており、彼をどうにか復活させたいと願っていた。一方、同じ小学校に通う佐々木依怙(エコ)は個人的に12年前の事件の真相に興味を持ち、謎を解き明かすためその中心に存在したはずの人物を探していた。そんな中、神様を決める殺し合い「カミエラビ」が再開される。「カミエラビ」とは何なのか?誰が何のために仕組んだものなのか?神様(アイツ)が復活する時、その全てが明らかになる───!