西暦2030年、日本。情報ネットワーク化が進む中、犯罪を一掃する攻性組織が設立された。内務省直属独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」だ。彼らの任務は、電脳犯罪への対処、要人警護、政治家の汚職摘発など多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課はネットに潜む犯罪に立ち向かう!
対話不能の異生物・奇居子に破壊された太陽系。かろうじて生き残った人類の一部は、小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道が、祖父の死を期に街へ出る。長道は人型巨大装甲・衛人の操縦士訓練学校に入学することになり、そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。長道が初めて異性と意識する少女、星白閑。長道の初めての友人となった男でも女でもない人間、科戸瀬イザナ。長道の活躍に苛立ちを覚える少年、岐神海苔夫。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか?人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
対話不能の外宇宙生命体・奇居子(ガウナ)により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道(たにかぜながて)は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人(もりと)の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑(ほしじろしずか)を失ってしまう。そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾(べにすずめ)をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。
西暦2034年。公安9課から草薙素子が去り、2年の歳月が経過していた。トグサが新しく組織を率いる立場となり、メンバーも大幅に増員されて拡大を果たした新生公安9課に、次々と難事件が襲いかかる。捜査の結果、一連の事件を背後で操っている存在が「傀儡廻(くぐつまわし)」と呼ばれる超ウィザード級ハッカーであることが判明する。そんな中、他のメンバーとは別ルートで事件の追跡をしていたバトーは、偶然にも草薙に再会する。「“Solid State“には近づくな」という謎の言葉を口にして去る草薙。そして残されたバトーの脳裏にはある疑念が生じる。「傀儡廻」とは草薙のことではないのか……。次から次へと立ちはだかる難事件の前に、新生9課のメンバー達はどう挑むのか!?事件の陰に付き纏う「傀儡廻」の正体は?そして”Solid State Society”が意味するものとは!?