時は明治十一年。急速な欧米化に伴い、政府に不満を持つ人々が増え、監獄は囚人で埋まり、脱獄も後を絶たなかった。そこで政府は、滋賀県琵琶湖に重犯罪者専用の檻、日本最大・脱出不可能な湖の監獄、獄門処を設ける。その監獄への橋渡し人を請け負う曇家の三兄弟が織り成す大冒険活劇の幕が上がる……!
2015年、渋谷。6年前に起きた大災害、渋谷地震から復興した街に新設された私立高校『碧朋学園』(へきほうがくえん)に通う少年、宮代拓留は、自身が設立した新聞部の活動の一環として『ニュージェネレーションの狂気の再来』と称される連続殺人事件を追っていた…。
主人公・有馬たくやは幼少期に母を亡くし、歴史学者である父も二ヶ月前に事故で亡くしてしまった。すべてにおいて活力を失ってしまった学生生活最後の夏休み。ある日、用途不明の丸い鏡とガラス玉のはまった妙な物体が入った小包が届けられる。同梱されていた手紙には父親が生きていると思わせる内容が…?!「今夜10 時に、この物体を持って剣ノ岬(三角山)へ行け」指示に従いその場へ向かうと、謎の女性が倒れていた。そこには学園長と謎の転校生の姿も。瞬間、地響きとともに光に包まれる…。並列世界を駆け巡る旅が、今、始まる!
南波刑務所(ナンバケイムショ) 海上に浮かぶ孤島にして、難航不落の巨大刑務所。屈強な看守達と世界最高水準のセキュリティに守られたこの刑務所から脱獄できる者は、何人たりともいない・・・はず!?謎の枷を持つ天才脱獄囚・ジューゴ(囚人番号15番) 女好きのギャンブラー・ウノ(囚人番号11番) 喧嘩上等食道楽・ロック(囚人番号69番) 持病持ちのオタクっ子・ニコ(囚人番号25番) 13舎13房に集う、ちょっと変わった4人の囚人。彼らの脱獄を阻む為、日々ダッシュする最強看守の双六一!!個性豊かな囚人・看守達の最高にピュアでバカな物語が、この刑務所で幕を開ける!!