日本のある都市。海鳴市で暮らす平凡な小学三年生、高町なのは。ある日、なのはは、異世界から訪れた少年ユーノと出逢う。ユーノの目的は、海鳴市に散らばった異世界の遺産。「ジュエルシード」の回収。暴走したジュエルシードからユーノを助けようとしたなのはは、自身に「魔法」の才能がある事を知る。危険なジュエルシードを回収するため、なのははユーノと協力し、ユーノから託された知性を持った魔導端末「魔導師の杖」レイジングハートとともにジュエルシードの捜索を開始する。だが、同じくジュエルシードを捜索している少女がいた。少女の名はフェイト・テスタロッサ。「母の願いを叶えるため」戦い、奪う事に心を痛めながらジュエルシード収集を行うフェイト。その悲しみを感じ取るなのは。戦いの中、二人は互いに力と心をぶつけ合い、なのはは自身の想いを伝えようとする。娘であるフェイトに対して、冷酷とも思える態度を取るフェイトの母・プレシア・テスタロッサ。届かぬ母への想いを胸に、幼い頃、誰よりも優しかった母の笑顔を取り戻すために戦うフェイト。自身を救い、育ててくれたフェイトを守りたいと願うフェイトの使い魔アルフ。フェイトを救いたいと願うなのは。そんななのはを支えるユーノ。だが、物語は、意外な展開を見せてゆく――。
人の意思に応え、あらゆる事を可能にする未知なる力「ビアトリス」。『現出した魔法』と呼ばれる軌跡の物質を、理解し、操り、知り抜くすべを教える日本で唯一の学校が、東京ビアトリス総合大学附属高等学校(通称 東ビ大附属)である。幼い頃、ビアトリスの奇跡に命を救われた高校生「吉村護(高校一年生)」は、東ビ大附属への転校が決まり、希望に胸を膨らませていた。そして転校初日……満開に咲き誇る、秋の桜の下、護は一人の少女に出会った。「あなた、私と付き合いなさい」それが護と、絢子の運命の出会いだった。鷹栖絢子は護より一つ年上の二年生にして生徒会治安部長。大物政治家の孫娘にして容姿端麗のお嬢様。世界でも3本の指に入る実力の持ち主で、衛星をも打ち落とす事ができる天才的ビアトリス使い。通称、「魔女ベアトリーチェ」「ビアトリスの死天使」、として周りから恐れられているが、実はとっても純情な女の子。
――これは、小さな奇跡……を破壊する物語?また異なる世界より『私立かぎなど学園』に現れたのは新たな綺羅星なのか、それともきらめく星々を覆い尽くす暗雲なのか。彼女たちは否定する――この世界を。彼女たちは抗う――この世界を作った何者かに。だが、彼女たちが世界の秘密に触れる時、この世界を愛する者たちが立ちはだかる。今、世界を揺るがす戦いがはじまる――!?
里中逸剛は普段の法力は今ひとつだが、「煩悩」によって絶大な法力を覚醒させるという僧にあるまじきチカラを持っていた。そんな逸剛と個性的な少女たちの悪霊祓い&修行生活は、いつも大騒ぎ。謎の美少女、上野一希も現れ、あの手この手のお色気作戦で逸剛を覚醒させようとして……。覚醒(い)くべきか、覚醒(い)かざるべきか、どうする逸剛?