超大国ブリタニア帝国に占領された日本=エリア11。そこに生きる二人の少年、ルルーシュとスザク。「ギアス」の力を手に入れ、世界を壊そうとするルルーシュ。ナイトメアフレーム「ランスロット」を操り、世界に理想と真実を求めるスザク。二人の対照的な生き方は、やがて帝国を揺るがす大きなうねりとなっていく。
錬金術、それは「等価交換」の原則のもと、物質を理解、分解、そして再構築する、この世界で最先端の科学である。この錬金術において、最大の“禁忌”とされるもの「人体錬成」。亡き母親を想うがゆえ、禁忌を侵し、全てを失った幼き兄弟。機械鎧(オートメイル)をまとい、「鋼の錬金術師」の名を背負った兄、エドワード・エルリック。巨大な鎧に魂を定着された弟、アルフォンス・エルリック。二人は失ったものを取り戻すため、「賢者の石」を探す旅に出る。兄弟は「賢者の石」の真実に近づくにつれ、大きな陰謀の渦中へと突き進んでいく。暗躍する人ならざる者たちの存在。徐々にその本性をむき出しにする軍事国家アメストリス。虐げられた民の果て無き憎しみと復讐の念。錬金術がもたらす幾多の悲劇。点在する悲劇は、やがて線になり、人を、民を、そして国すらをも巻き込んでいく。兄弟は絶望と希望の狭間の中、それでも前に進む--。
エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。右腕と左足を鋼の義肢「機械鎧(オートメイル)」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ・・・。
北海道のとある街で、高校生活を送るちせとシュウジは付き合い始めたばかり。そんなある日札幌が空襲を受け、仲間が犠牲になり、暗く不安な空気が漂う中、シュウジは、羽と武器を纏い、自衛隊の最終兵器となって戦うちせの姿を見かける。普通の女子高生でいたいが、コントロール不能な防衛本能がちせを戦闘に向かわせる。
遠い未来。「聖譜」と呼ばれる歴史書をもとに歴史をやり直す世界。三河争乱を経てホライゾンを聖譜連合から奪還したトーリたちは、ホライゾンの感情=大罪武装を求め、航空都市艦「武蔵」で次なる目的地、浮上島「英国」へと向かうことに。しかし同じ頃、英国とのアルマダ海戦に向け、三征西班牙も行動を開始していた…。妖精女王の統べる英国で、トーリたちの新たな戦いが幕を開ける!
パリの貴族の家に生まれたアルベールは、退屈な日常を脱するために、親友のフランツと旅に出た。月面都市ルナで、出会ったのは、モンテ・クリスト伯爵という大富豪。傍らには絶世の美女、後ろには屈強な部下を従え、ルナ一番の高級ホテルで優雅に暮らすその姿。伯爵のミステリアスな魅力にすっかり心酔したアルベールは、伯爵をパリの社交界へ迎え入れる。しかし、アルベールはまだ知らない。伯爵の真の目的は、その昔、自分に無実の罪を着せ、フィアンセを奪ったアルベールの父と、フィアンセであった母への復讐であることを。そして、その間に生まれた自分自身も、復讐の標的であるということを―――。