大陸を震撼させ、無数の犠牲を生んだ代理契約戦争から数十年……。独立交易都市ハウスマンの自衛騎士団に所属するセシリー・キャンベルは、あるときひとりの少年に窮地を救われる。少年の名はルーク・エインズワース。都市のはずれに工房を構える鍛冶屋だった。ルークの持つ、奇妙な剣--大剣をも断ち切ったその「刀」に魅せられ、セシリーは折れた愛剣の代わりとなる、新たな剣を打ってほしいとルークに頼み込む。彼との出会いが、聖剣をめぐる過酷な運命に己を巻き込んでいくとも知らずに……。
舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発生した“同時多発無気力症”による災害から復興を遂げた未来型新興都市である。高校生の神郷慎(カンザト シン/17歳)は、弟の洵(ジュン/14歳)と共に、長男で綾凪市の若き警察署長である諒(リョウ/28歳)と10年ぶりに再会する。その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われていた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。兄弟達の運命の歯車が今回り始める――。
美しい荒廃感が漂う未来都市。純粋無垢な機械少女ソルティは、擬似家族を演じる男と共に、賞金稼ぎとして生きる。そこで出会う仲間、ライバル、そして家族にも似た暖かな存在。「何もなかった」ソルティが出会う様々な人々との交流。「生活をする」「誰かと共に暮らす」という事の意味。 「護るために戦う」ことの辛さ。ひとつひとつの出来事が、ソルティを確実に人間らしく成長させるが、同時にソルティが人間ではないという現実にも直面する。 そして、ソルティに秘められた謎が明らかになった時、大いなる陰謀の渦がソルティとソルティを取り巻く人々を巻き込んでゆく――。
敵対する2星、女だけの「船団国家メジェール」と男だけの「惑星国家タラーク」。交戦中ペークシスの暴走により、イカヅチ旧艦区と海賊船が別の宇宙領域に飛ばされ、融合してしまった!謎の敵の侵略を知り、ヒビキやディータら本来敵同士であるはずの男女が共に手を取り合うことに!呉越同船、母星への帰還の旅が始まった。
西暦2XXX年。地球に落下してくる無数彗星の被害を抑えるため、人類は天体危機管理機構を設立、地球に落ちそうになった彗星を破壊する部隊・コメットブラスターを配置した。そして、彼らが撃ちもらした彗星を地上から撃破する部隊・メテオスイーパーには、コメットブラスターを目指す若者たちの姿があった…。