西暦2030年、日本。情報ネットワーク化が進む中、犯罪を一掃する攻性組織が設立された。内務省直属独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」だ。彼らの任務は、電脳犯罪への対処、要人警護、政治家の汚職摘発など多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課はネットに潜む犯罪に立ち向かう!
高度に進化した情報技術「マナ」を手にした人類は、その魔法のごとき力で、戦争、飢餓、汚染など地球上のあらゆる問題を克服。ついに平和で何不自由ない理想郷を手に入れた。「ミスルギ皇国」の第一皇女・アンジュリーゼ。彼女もまた、何不自由なく、民から祝福を受け、冠を戴くはずだった。しかし、彼女は己が「ノーマ」であるという事実を突きつけられる。「ノーマ」――それはマナが使えないイレギュラー、反社会的な人ならざる「モノ」。全てを奪われた彼女は、僻地の離島に隔離される。そこで待ち受けていたのは、戦いしか知らないノーマの少女たちとの出会い。変形人型兵器「パラメイル」のライダーとして、次元を超えて侵攻してくる巨大攻性生物「ドラゴン」を狩る日々だった。名前を奪われ、兵士となった「アンジュ」が、戦いの果てに見るものとは。信じられるものは、何か。手にするものは、何か。一人の少女の不屈の物語がいま、始まる。
創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の2/3を失っていた。11年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器“神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。一方、人類は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、 “機械天使アクエリオン”が姿を現す。アクエリオンを動かすには、マシンの機械生命と感応、共鳴できる“エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それには特に鋭敏な五感や純真な魂が要求されるため、10代半ばの少年少女たちがパイロットとして集められた。そして、ついに“機械天使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
14歳の誕生日に大助は、初恋の梨紗に告白するが玉砕。しかしその夜、梨紗のことを強く思うと大助の体に異変が…。好きな女の子への恋愛感情が高まると、恋愛遺伝子の副作用で“伝説の大怪盗”ダークに変身してしまう体質となったのだ。大助の普通の中学生&数々の美術品を華麗に盗んでいく大怪盗の二重生活が始まった!