高校生活を“ぼっち”で過ごしていた遥は、授業中に突然クラスメイトと共に異世界召喚に巻き込まれてしまう。チートスキルが並ぶリストから好きなスキルを選んで神様から与えられる――はずが、チートスキルは早い者勝ちで既にめぼしいものはクラスメイトに取り尽くされていた!?神様の逆ギレで残ったバッドスキルを全て押し付けられた遥は、スキル『ぼっち』のせいで、異世界でも孤独に冒険することに……。チートに頼らず、チートを超えてやる――最強”ぼっち”の異世界HARDモード攻略譚、開幕!
文久三年。倒幕派と佐幕派が世を二分し、刀の時代が終わりを告げた時代―――幕末。刀剣男士として顕現したばかりの堀川国広は、かつて同じ主の元で戦った和泉守兼定とともに、雨の山道をひた走る。刀剣男士は刀に宿る想いを審神者が励起させ、顕現させた『付喪神』。彼らの使命は、歴史を変えようと目論み未来から送り込まれる『時間遡行軍』を打倒し、“正しい歴史”を守ること。陸奥守吉行、薬研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸国永という新たな仲間を得た二振りは、動乱の時代で、時間遡行軍との戦いに身を投じることになる。振るう刃に映すは光か、影か。刀剣男士、いざ出陣。
本丸が真っ白な雪で覆われる頃、刀剣男士の大和守安定と加州清光は思い出話をしていた。それは、自身が名刀・山姥切の本歌であるという“山姥切長義”が自分たちの本丸へ配属されてきたときのこと。自身の写しである山姥切国広に対して挑発的な態度を取る山姥切長義と、彼に複雑な思いを抱く山姥切国広。そんな二振の気持ちを汲み取り仲間を支える加州清光に心の強さを見た大和守安定は、彼にある提案をする。一方、本丸に突然入電がくる。告げられた特命は“歴史を改変されたまま、放棄されている世界”を調査しろというもの。刀剣男士たちは、歴史が改変されているという土佐へと向かう。そこには、陸奥守吉行が知る土佐とは全く別の街並みが広がっていた。彼らは先行して調査していた肥前忠広・南海太郎朝尊と合流し、歴史を改変した首謀者を討つため奔走する。