人と魔族の戦争を阻止したアノスの前に、二千年前の神話の時代、アノスに次ぐ実力を持つ魔族であった四邪王族が一人、エールドメード・ディティジョンが魔王学院の教師として現れた。しかもエールドメードは自らを天父神(てんぷしん)ノウスガリアと名乗り、暴虐の魔王を滅ぼす新たな“神の子”が魔王学院にいるという。あらゆる理不尽をものともしない《不適合者》は新たな戦いへ!魔王学院シリーズ中最大のエピソード、《 大精霊編 》がついに始まる。
かつて両親の都合で異世界へ召喚された男子高校生・深澄 真は、勇者として魔族と戦うはずだった。しかし、召喚主である女神から「不細工」と罵られた挙句、勇者の称号は即剥奪。最果ての荒野に放り出されてしまう。勇者失格の烙印を押された真は、荒野を彷徨いながら、自身の従者となった上位の竜種・蜃こと巴や、災害の黒蜘蛛・澪を引き連れて、異世界世直し行脚の旅を始めた。道中、様々な出会いと別れを繰り返し、異世界に蔓延る悪党どもを成敗していく深澄一行。さらに、女神の気まぐれで巻き込まれた魔族との戦争も乗り越えて、彼らの旅は学園中立都市・ロッツガルド、そしてまだ見ぬ2人の勇者のもとへと続いていく!神と人族から見捨てられた男の異世界世直しファンタジー第二幕、堂々開幕!
東京西部に位置する巨大な『学園都市』。総人口230万人を数え、その約8割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力レベル0』から『超能力レベル5』までの六段階で評価されていた。そんな学園都市で、能力者たちの頂点に君臨する最強の能力者・アクセラレータ。 7人しかいない『超能力者』の中でも、飛び抜けた能力を誇る第一位は、その力ゆえに殺伐とした日常を送っていた。繰り返される常軌を逸した『実験』と、絶対的な力を求めた末に経験した敗北。その先に待っていた、とある少女――ラストオーダーとの出会いによって、運命が大きく変わることになる。最強にして最凶の『悪』 ――アクセラレータが、学園都市の『闇』をなぎ払う!!
ディネーズ聖王国に属する都市、テラネ。一攫千金を狙う冒険者に目端が利く商人、歌い踊る吟遊詩人、貴族に神官、獣人族……。職業と人種のるつぼ、都市そのものがまるで迷宮であるかのようなその街を人は“迷宮都市”と呼んでいた。冒険者パーティ【武芸百般】を追い出され、恋人にも騙され失意の軽戦士ニックもまた、この街の住人だった。全てに嫌気がさして立ち寄った酒場。不味い飯、周りの楽しげな冒険者たち、相席のパッとしない連中……。うんざりする一切合切を、叩きつけるようにぬるい酒で流し込む……!「「「「人間なんて信用出来るか!」」」」思わず、苛立ちや不満は口をついて出た。自分だけの思いのはずが、その声は4人分だった──。それぞれに傷を持つ彼らの、これが冒険の幕開けだ!!
「リリエーーール!!!」3次元の女子に興味無し!漫画研究部部長・奥村は今日も部室でひとり、画面の向こうに映る愛してやまない2次元のキャラクター・リリエルの名を叫んでいた……。そんな奥村のもとへやってきたのは「リリエルになりたい」という3次元女子・天乃リリサ。彼女は、漫画の中に登場する女の子のエッチで可愛い「衣装」が大好き。そして、奥村に負けないくらいリリエルを愛する仲間(オタク)だった!奥村に秘密の趣味がコスプレであることを明かしたリリサは、コスプレの写真や動画が詰め込まれた「ROM(ロム)」のコレクションを見せて伝える――。「私っ……これを作りたいんです!!」ふたりきりの部室で始まるコスプレ活動!リリサが変身(コスプレ)したリリエルは奥村が衝撃を受けるほど本物(リアル)で!?熱意に押された奥村もカメラを手に!?真摯に熱くコスプレに向き合う彼らが、「何かを熱烈に愛している」全てのオタクへ贈るコスプレ青春ストーリー、開幕!!
衝撃的なラストシーンで幕を閉じた第1期から6年後、選別者にとって狭き門である20階に居たのは、何度脱落しても「塔の王になる」と挑戦を続ける男・王野 成(おうじ なる)。莫大な受験料のために借金を抱える王野は、最後のチャンスとして再び試験に挑戦し、そこで圧倒的な強さを持つ謎めいた長髪の男・ビオレと出会うが、ビオレは塔の支配者であるザハードに対抗する犯罪組織「FUG」のスレイヤー候補であった。
『俺には見える。俺が勝つ道が……』『今度こそ奴を倒す。 だからもう一度来い……アクセプト!「魂を賭ける者 ブルーム」!』「王」によって統治され、すべての優劣が「ビルディバイド」の強さによって決まる都市―「新京都」―この新京都には噂がある。曰く「ビルディバイドで王に勝利すると、何でも望みが叶う」そして王に挑戦するためには、「リビルド」と呼ばれるバトルに参加し、―「鍵」―を完成させなければならない。―誰にだって叶えたい願いがある―とある目的のため、王を倒すと誓う少年・蔵部照人(くらべてると)は、謎の少女・ 晩華桜良(ばんかさくら)に導かれ、リビルドバトルに身を投じていく。全てが「ビルディバイド」によって決まる都市「新京都」を舞台に、今照人たちの戦いが幕を開ける!!
ファリョンから、これまでの一連の出来事の真実、そしてビオレが""二十五日の夜""であることを聞かされたクンは、夜を再び仲間とするため、王野たちとともに塔の30階で開催される工房戦へ出場を決意する。FUGの次期スレイヤー候補ビオレを中心にしたFUGチーム。王野とクンが手を組んだチームらーめん丸。エンドロシ、アナクらが参加するシビスチーム。それぞれの思惑が複雑に交錯する中、今回の工房戦で栄冠を掴むのはどのチームか!?
「王」によって統治されている都市「新京都」この新京都では、願いを叶えるために「王」に挑戦する戦い「リビルドバトル」が行われていた。しかしその真実は、新京都とは仮想都市であり、都市を動かすプログラムと融合するためのメインCPUとして据えられるビルディバイドの実力者を選定することなのだった。そして照人の戦いとは、CPUとして囚われていた菊花を救うことだったのだが……―時は流れ、3年後―新京都はかつての街並みを失い、崩壊した都市となっていた。民衆はKUGEと呼ばれる王の使いによって捕獲され、呪力を奪うための「樽」へと送られている。すべては「王」を維持するためにそんな中、KUGEに追われるひとりの少女が……少女はかつての王、蔵部菊花。新京都の歴史の中で一番強いとされていた菊花だが、そんな彼女でもなすすべなくKUGEに追われ続けている。菊花の手元にはビルディバイドのデッキがなかったのだ。『これは罪、これは罰。私には二度と光は訪れない……』様々な後悔と共にひたすらに逃げ続ける日々絶望の淵に沈む彼女に救いの手を差し伸べるのは―――もう一度会いたい―『照人に』『師匠に』崩壊した都市「新京都」を舞台に、少女と少女が手を取り合う大切な人に会いに行くため、彼女たちの戦いが今始まる。