ある日突然、月が爆発して7割方蒸発した。その犯人と称し、しかも来年三月には地球をも爆破するという超生物がやってきたのは、何故か中学校の教室。なんとここで教師をするというのだ。人知を超えた能力を持ち、軍隊でも殺せないその怪物の暗殺を、各国首脳はやむをえず、そのクラス、椚ヶ丘中学校3年E組の生徒に委ねることになる。なんと成功報酬は百億円。落ちこぼれクラス、「エンドのE組」の生徒たちは、卒業までにこの暗殺対象の教師、「殺せんせー」を殺せるのか・・・!?
ある日突然、月が爆発して七割方蒸発した。その犯人と称し、しかも来年3月には地球をも爆破するという超生物がやってきたのは、何故か中学校の教室。なんとここで教師をするというのだ。人知を超えた能力を持ち、軍隊でも殺せないその怪物の暗殺を、各国首脳はやむをえずそのクラス・・・椚ヶ丘中学校3年E組の生徒に委ねる事になる。突如現れたとても奇妙な担任教師によって1学期の授業は始まった。落ちこぼれクラス「エンドのE組」と呼ばれた生徒たちは、暗殺教室というかつて経験したことのない特別授業や様々な試練を通じて、新たな仲間と絆、そして少しずつ自分たちに自信を持っていく。そして、1学期が終了し迎えた夏休みもいよいよ最後の日を迎えた。新たに始まる2学期、3−E組の生徒たちは、期限の卒業までに、担任教師である「殺せんせー」暗殺ミッションを成功させることができるのか・・・!?
伊藤 誠(いとう まこと)が“桂 言葉(かつら ことのは)”と出合ったのは榊野学園の入学式のとき。言葉は誠の隣のクラスで、同じ沿線から通っていて、毎日同じ時刻の電車に乗り本を読んでいる。気にはなるけど、遠くから眺めているだけ…。ただ、それだけの存在だった。携帯電話のおまじない…「好きな人の写真を待ち受けにして3週間、誰にもバレなかったら恋が成就する」誠はばかばかしいと思いながらも、電車で出会う言葉の姿を携帯電話の待ち受けにする。だが、そんな誠の待ち受け画面に映った言葉の写真を同じクラスで隣の席の“西園寺世界(さいおんじ せかい)”に見られてしまう。おまじないを始めて1日目ではかなく散ってしまった淡い期待だったが、世界が勝手に誠の待ち受けを見てしまったお詫びにと、誠と言葉の仲を応援したいと二人の間を取り持つ事に…。その日から誠の退屈だった日常が大きく動き始める。
すべてではない。けれど、エリアスを、自分を受け入れることができたチセ。カルタフィルスがひとときの眠りにつき、日常を取り戻した彼女の元に届いたのは、魔術師たちの相互扶助組織『学院』への招待状だった――。大英図書館の地下……今までとは違う魔術師達の社会。”人”との出会いと交わりが、新たな扉を開いてゆく。これは、私(あなた)を救う為の物語。
『私立かぎなど学園』。そこは、20年以上に渡って世界中のkeyファンより琵琶湖の総水量(推定)を上回るほどの涙を搾り取ってきたという、伝説の猛者たちが集いし魔境……もとい、理想郷である。ファンの涙腺だけでは飽き足らずついには世界の壁すら破壊して集結した綺羅星たちの目的――それは新たな世界で新たな学園生活を謳歌すること。どこまでも自由で。どこまでも楽しく。どこまでも幸福な。夢のような物語、始まります。
――これは、小さな奇跡……を破壊する物語?また異なる世界より『私立かぎなど学園』に現れたのは新たな綺羅星なのか、それともきらめく星々を覆い尽くす暗雲なのか。彼女たちは否定する――この世界を。彼女たちは抗う――この世界を作った何者かに。だが、彼女たちが世界の秘密に触れる時、この世界を愛する者たちが立ちはだかる。今、世界を揺るがす戦いがはじまる――!?