人気アニメの第2シリーズ。憧れの私立やまぶき高校美術科に入学したゆの。学校のまん前にある小さなアパート『ひだまり荘』で一人暮らしを始めたゆのは、そこで同級生の宮子、先輩の沙英とヒロの三人に出会う。慣れない生活に戸惑いつつも、優しく温かい仲間に囲まれながら、ゆのは今ゆっくりと夢に向かって歩き出す…。
21世紀初頭、惑星間航行技術を巡って世界大戦が勃発。宇宙へ生活の場を移した人類の新たな歴史、それは「星暦00年」をもってスタートする。間もなくして、深銀河貿易機構(D.G.T.O)の支配・統制により、 “芸能”や“歌”が“人のココロを乱すモノ”として規制される“芸能禁止法”が成立。かつて“アイドル”と呼ばれた存在は絶滅したかに思えた。だが、そんな時代に復活したアイドルグループがあった。その名は、「AKB0048」。彼女たちの「奇跡のライブ」は、夢を失いかけた人々に未来への希望の光を与え続けていく!
せっかくトイズが戻ってきたのもつかの間、またまたトイズを失ってしまったミルキィホームズの4人。好敵手の復活を強く望むアルセーヌ(=アンリエット)は、ミルキィホームズがトイズを取り戻すようにと、陰になり日向になり4人をサポートするが、トイズが復活する気配は全くない。それどころか、4人は貧乏生活にすっかり慣れ、ダメダメ街道まっしぐら。遂にはトイズだけでなく、学院生活に一番大事なものもすっかり忘れてしまい・・・。
血行障害のリハビリを終えた吾郎はチームに復帰。ホーネッツで多くのタイトルを獲得する主力クローザーとして大活躍。5年前のワールドシリーズでは念願のワールドチャンピオンに。しかし、肩を故障し再びリハビリ生活を送ることとなり、復帰は叶わなかった…。解雇された吾郎は日本に帰国。妻・薫は、家族4人で平穏な生活を望むが、吾郎はある決意を秘め、一人トレーニングを積んでいた。そして月日が流れたある日。吾郎は、子供たちにある「メッセージ」を伝えるために、オーシャンスタジアムに招待する…。