大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんなどこにでもある日常。市立見滝原中学校に通う、普通の中学二年生・鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い――それは、新たなる魔法少女物語の始まり――
進級テストの成績で厳しくクラス分けされる先進的な進学校「文月学園」。秀才が集まる設備も整ったAクラスに対して、最底辺のFクラスの設備はボロい卓袱台や腐った畳だけ。そんなFクラスの生徒である吉井明久は、訳あって同じクラスとなった健気な才女・姫路瑞希のため、学園が開発したシステムを使ったクラス争奪バトル「試験召喚戦争」に挑戦する。果たして、Fクラスは上位の強豪クラスに勝利することができるのだろうか--
高校三年の十月、阿良々木暦は神原駿河から、転校してきた一年生の忍野扇を紹介される。暦に相談があるという扇。直江津高校の図面を作成したところ不思議なことがあると言い出した。それをきっかけに、暦の高校生活を決定付けた、このまま語られるはずのなかった物語が明らかになる……。これは、阿良々木暦が「何」でできているかを知る物語。これは、すべての「始まり」を知る物語。
私立美浜学園――。一見すると普通の学園だが、そこには『訳あり』の5人の学生しか在籍していない。その場所に、新たな6人目の学生――風見雄二――が転入することになった。個性と言うにはあまりにも異質な学生達と、彼女らに劣らぬほどのアクの強い自我を持った風見雄二。互いに触れあううちに理解を深め、少しずつ干渉しあうことで、それぞれの内面へと影響を与えていく。過去に囚われた彼女達の物語が今、動き出す――
怪異に曳かれつづけた阿良々木暦の一年間。これまでの“物語”と“物語”の間でひそかに生まれていたいまだ語られていないエピソードたちを、一月に一話からなる12編の短編連作で巡る。〈物語〉シリーズ公式アプリだけで視聴できる短編アニメという新たな形でつづられる、暦達が過ごした1年間。そして“物語”は運命の朝へ向かう――。
3月13日、大学受験の日の朝。阿良々木暦は臥煙伊豆湖によって殺された。死後の世界で暦を待っていた八九寺真宵は、彼をどこかに案内し始める。そしてその先にいたのは、思いもかけない人物だった。
進級テストの成績で厳しくクラス分けされる先進的な進学校「文月学園」。秀才が集まる設備も整ったAクラスに対して、最底辺のFクラスの設備はボロい卓袱台や腐った畳だけ。そんなFクラスの生徒である吉井明久たちは、学園が開発したシステムを使ったクラス争奪バトル「試験召喚戦争」に挑戦したり、「学園祭」に参加したりと、ある意味刺激ある学園生活をおくっていた。そして夏がやってきた--
惑星改造によって生まれ変わった水の星「アクア」。その観光都市ネオ・ヴェネツィアを舞台に、ウンディーネ(水先案内人)を夢みてマンホーム(地球)からやってきた15歳の少女、水無灯里を主人公に優しくてちょっぴり切ない物語が広がります。
学園からふらっと姿を消した雄二。いつものように彼の帰りを待つ美浜学園の少女たちが次に彼の姿を認めたのは、テロ事件の首謀者として報じられるテレビ画面の中だった。以来、忽然と不明になる雄二の行方。彼の無事と無実を信じる彼女たちは、風見雄二奪還のため、自らの安寧の日々を捨てて立ち上がる。少女たち向かう先にあるのは、運命か、それとも──。
平凡な小学三年生だった女の子、高町なのは。だが、ある日出会った不思議なフェレット・ユーノと、彼が持っていた魔法のデバイス・レイジングハートとの出会いで、魔法少女としての運命に巻き込まれてしまう。危険な古代遺産「ジュエルシード」を巡って争うことになる異世界の少女、フェイト・テスタロッサとの出会いや次元世界を管理する時空管理局の介入から事態は激しさを増し、戦いの日々へとなのはは向かい合ってゆく。悲しい運命を背負ったフェイトにひかれ、同じ寂しさを分かち合いたいと願ったなのは。「友達に、なりたいんだ」思いを届けるため、なのはは自らが得た魔法を手に、フェイトと、運命との戦いを選んだ―――。