かつて――融合症例と呼ばれた少女は、世界終焉の真際に奇跡を掴み、ガングニールのシンフォギアと適合を果たす。地球霊長存続の名目で執行されようとしていた人類淘汰――「フロンティア事変」と称される一連の騒乱は、歌に血を通わせた少女たちの活躍によって終止符が打たれたが、新たな物語は、それから程なくして幕を開けるのであった。亜宇宙を弧を描いて引き裂く超音速の落下物体。それは、ラグランジュ点での大気圏外活動を終え、地球に帰還しようとしていた国連所属のスペースシャトルであった。システムトラブルから機能不全と陥り、このままでは機体の空中分解、あるいは地表ヘの激突は免れないという緊急事態に、息を飲むばかりの各国指導者たち。遡る事、二度に渡り、世界を未曽有の危機より救ってきたシンフォギア装者たちも、その力を日本政府保有の軍備とみなされる以上、たとえ人道的救護支援であっても国外での活動はかなわず、待機を余儀なくされるのであった。それから経過する100日余り。フロンティア事変以降、認定特異災害「ノイズ」の観測は一例としてなく、事の顛末を知る誰もがノイズの根絶と被害の終息を予感していた頃。本部にてモニターへと向かっていた藤尭朔也は、ノイズとは異なる、だが近似した反応波形を確認する。場所は、横浜港大さん橋ふ頭付近。そこには、小さな匣をかかえ、逃げるように駆ける黒衣――<廃棄物11号>の姿が見られた。世界を壊す、歌がある。今はまだ、やがて訪れるその脅威に気づく者はなく、夏の夜空に、ただ赤き粉塵が舞い踊るのみであった。
猫だけで営むお店『ラーメン赤猫』、そこにバイトの面接で訪れた人間の珠子。正直に犬派と答えた彼女はあっさりと採用が決まり、任されたお仕事は猫たちのお世話係。ブラッシングを通じて垣間見える猫模様に、様々なお客様が織りなす人間模様。身体も心も温まる『ラーメン赤猫』、愛しさ大盛り、召し上がれ。
2012年7月から同年12月まで放送されたTVアニメ「トータル・イクリプス」の舞台となった2001年から遡ること18年。1983年の東ドイツでは、東方から押し寄せるBETA群に対して、苛烈な戦いが繰り広げられていた。絶望的な戦況と国家権力の重圧によって他人を信じられなくなっていた東ドイツの衛士、テオドールは偶然にも西ドイツ軍の衛士である少女を救出する。その少女、カティアはある純真な想いを胸に東ドイツへ亡命、そしてテオドールの所属する第666戦術機中隊シュヴァルツェスマーケンへの編入を希望する。カティアとの出会い、そして、中隊指揮官アイリスディーナの思惑が絡み合い、テオドールの運命が大きく動き出す。