夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王:シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。そして今、運命の歯車が回りはじめる。
物語の主人公である遠野志貴は、幼い頃に一度死にかけた後、「モノ」の壊れやすい部分を黒い線として捉えることのできる特別な眼「直死の魔眼」を持つようになった。とはいえその能力をもてあましていたときに、偶然出会った女性からたしなめられ、その眼の力を封じる眼鏡を受け取ったおかげで、外見上、普通の少年として平凡な生活を送ることができた。しかし、子供の頃から預けられていた親戚の家から、実家に帰ることが決まった頃と時を同じくして起きる、全身の血液を抜かれて人が殺されていく連続猟奇殺人事件が、志貴の生活を非日常へと急激に変化させてゆくこととなる。
教会都市リュビンハイゲンを出立した行商人ロレンスと狼神ホロ。行商がてらホロの故郷ヨイツの情報を集めるため、冬の大市と祭りで賑わう町クメルスンにやってきた。そこで二人は、若い魚商人アマーティと出会う。どうやらアマーティはホロに一目惚れをしてしまったらしく、急速に彼女に近づき始めた。一方ロレンスとホロの間には微妙な気持ちのすれ違いが生じ、誤解が誤解を呼んでしまう。そしてそれがロレンスとアマーティそれぞれの商売をも巻き込んだ大騒動へと発展していく―。
あの夏の日から3年。太一たち8人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのSOSが届き、3本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた5人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった!
琴子はいつも一所懸命な17歳。ある日新築したばかりの自宅が崩壊してしまい、父親と一緒に、父親の親友の家に居候することになった。そこには、彼女が激しくフラレ、それでも尚、思いを寄せる相手である直樹がいた!彼はなんと、居候先の家の息子だったのだ。天才で、超イケメンの直樹と思いがけず、同じ屋根の下で暮らすことになった琴子。知らなかった彼の素顔を目の当たりにし、ドキドキ、ますます思いは熱くなる。とりまく家族のおせっかいや、学校の友達からの疑いをはねのけて、琴子の恋のリベンジなるか!?
時期はずれの転校生・河野亨は、その美形さゆえに本人が気づかないうちに「姫」候補にされてしまう。初めは拒絶していた亨だが、姫役の生徒には金銭面をはじめ様々な特典があると聞き、「姫」を引き受ける。既に2名の「姫」たちもいて、その3人を中心に、強烈な個性の脇役たち(しかも全員が美形!)が繰り広げるちょっとオカシナ学園生活がはじまる。