あの日、フェストゥムが竜宮島に突如飛来し、「あなたはそこにいますか・・・」と問いかけたあの日から、1年前。総士・一騎たちのⅠ学年上級生である、将陵僚たちが通う竜宮島中学校では、季節外れの卒業式が行われていた・・・。そう、それは彼らを待ち受ける運命の序章であった・・・。
本当のサッカーを取り戻すため、サッカー管理組織「フィフスセクター」の意向を覆す試合を続けてきた天馬たち雷門イレブン。さまざまな妨害や困難な壁を乗り越えて、ついに雷門イレブンはホーリーロード全国大会で優勝を果たした。そして、フィフスセクターが解散されたいま“管理されたサッカー”は終わりを告げ、サッカーを愛する子供たちが自由にプレイできる世界となった。しかし、それから3ヶ月――。豪炎寺に頼まれた沖縄での「サッカー教育プログラム」の支援活動を終えて、久々に雷門中に戻ってきた天馬は、足早にサッカー部のメンバーに会いに行く。ところが、天馬の知らないところで、雷門中に不思議な事態が起こっていた。グラウンドは野球部が占拠し、サッカー棟からはサッカー部が消えてしまっていた。一体これは!? とにかく部員を探そうと歩きまわる天馬は、ついに神童を見つける。ところが神童はサッカー部なんて存在しないと言い放ち、さらに他のメンバーまでも、サッカー部のことを知らないばかりか、天馬とも初対面のように振る舞う。みんながサッカーのことを忘れてしまっていると落ち込む天馬の前に「アルファ」と名乗る謎の少年が現れる。「お前からサッカーを消去する」と告げるアルファ。そして、天馬はアルファにより異次元の空間に連れ去られる。その先で、天馬は驚きの光景を目撃する・・・アルファはなぜサッカーの存在を消去しようとするのか!?多くの謎が交錯する中、サッカーを守るため時空を超えた天馬の戦いがはじまる――!
人の意思に応え、あらゆる事を可能にする未知なる力「ビアトリス」。『現出した魔法』と呼ばれる軌跡の物質を、理解し、操り、知り抜くすべを教える日本で唯一の学校が、東京ビアトリス総合大学附属高等学校(通称 東ビ大附属)である。幼い頃、ビアトリスの奇跡に命を救われた高校生「吉村護(高校一年生)」は、東ビ大附属への転校が決まり、希望に胸を膨らませていた。そして転校初日……満開に咲き誇る、秋の桜の下、護は一人の少女に出会った。「あなた、私と付き合いなさい」それが護と、絢子の運命の出会いだった。鷹栖絢子は護より一つ年上の二年生にして生徒会治安部長。大物政治家の孫娘にして容姿端麗のお嬢様。世界でも3本の指に入る実力の持ち主で、衛星をも打ち落とす事ができる天才的ビアトリス使い。通称、「魔女ベアトリーチェ」「ビアトリスの死天使」、として周りから恐れられているが、実はとっても純情な女の子。