緑化都市、風祭。文明と緑の共存という理想を掲げたこの都市に住む天王寺瑚太朗は神戸小鳥、吉野晴彦らの友人たちと平凡な日々を送っていた。そんな平和な風祭市に、年一回の騒がしい時期が訪れようとしていた。都市を上げての収穫祭。巨大な文化祭のようなその催しに、瑚太朗は記事のネタ集めをすることに。風祭では未確認生物の情報や、オカルトチックな噂がまことしやかに囁かれていたからだ。同時期、瑚太朗の身に不可解な出来事が降りかかり始める。瑚太朗はオカルト研究会の部長、千里朱音に助けを請い、知り合いの生徒たちをも巻き込んでの調査を開始するのだった。それは瑚太朗にとって、ちょっとした冒険心のつもりだった。騒がしく仲間たちと過ごしていけるなら、それで良かった。瑚太朗はまだ気付かない。それが誰も知らない『真実』の探求へ繋がっていくことを。
平凡な日々を送っていた天王寺瑚太朗は、オカ研の仲間とともに風祭で起こる不可解な出来事を調査していた。そんな中“鍵”である篝との出会いによって、人類の存亡をかけた運命と対峙することになる。一度「終焉」を迎えた世界をやり直し、星を救うため瑚太朗は滅びの運命に立ち向かうのだった。
すべてではない。けれど、エリアスを、自分を受け入れることができたチセ。カルタフィルスがひとときの眠りにつき、日常を取り戻した彼女の元に届いたのは、魔術師たちの相互扶助組織『学院』への招待状だった――。大英図書館の地下……今までとは違う魔術師達の社会。”人”との出会いと交わりが、新たな扉を開いてゆく。これは、私(あなた)を救う為の物語。
『私立かぎなど学園』。そこは、20年以上に渡って世界中のkeyファンより琵琶湖の総水量(推定)を上回るほどの涙を搾り取ってきたという、伝説の猛者たちが集いし魔境……もとい、理想郷である。ファンの涙腺だけでは飽き足らずついには世界の壁すら破壊して集結した綺羅星たちの目的――それは新たな世界で新たな学園生活を謳歌すること。どこまでも自由で。どこまでも楽しく。どこまでも幸福な。夢のような物語、始まります。
――これは、小さな奇跡……を破壊する物語?また異なる世界より『私立かぎなど学園』に現れたのは新たな綺羅星なのか、それともきらめく星々を覆い尽くす暗雲なのか。彼女たちは否定する――この世界を。彼女たちは抗う――この世界を作った何者かに。だが、彼女たちが世界の秘密に触れる時、この世界を愛する者たちが立ちはだかる。今、世界を揺るがす戦いがはじまる――!?