ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。
そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに助けられながら毎日を送る裕太だった。が、その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた――
父の死の謎を追い転校してきた少女・纏流子。転校した本能字学園は、着た者に特殊な能力を授ける『極制服』により絶対的な力と恐怖で生徒会会長・鬼龍院皐月が支配していた。その出会いは、偶然か、必然か。学園に巻き起こる波乱は、やがて全てを巻きこんでいく!
街を賑わすサーカス団。しかし、彼らの移動とリンクするように街では子どもたちが消えていた。調査のためサーカス団に団員として潜入した、セバスチャンとシエル。そこで思いがけない人物に遭遇する。サーカス団の隠された目的とは!?