幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。薫たちとの別れ、そして新たな出会い。さらには、志々雄一派との戦い。己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心。幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――!
春――それは新たな出会いと思わぬ再会、そしてミステリアスな旋律と共に幕を開ける。高校への進学を機に、吹奏楽を始めることを決意した穂村千夏(チカ)。目指すは華麗で乙女なキュートガール。音楽講師・草壁と出会い、憧れを募らせるチカだったが、幼なじみの上条春太(ハルタ)との再会に廃部寸前の吹奏楽部と、チカの青春は思いもよらない方向へ……。部員集めに翻弄する日々と、仲間たちと交わす友情、そして次々に現れる謎(ミステリ)。チカとハルタの奏でる音楽がいま、高らかに鳴り響く!
赤い満月の夜、女子高生の綾月芽衣は、妖しげな奇術師チャーリーのマジックに誘われ箱の中へ。目を覚ますとそこは、明治時代の「東亰」だった!戸惑う芽衣を助けたのは、森鴎外と菱田春草。言われるがまま馬車に乗せられ、着いたところは鹿鳴館。高官たちが集う華やかな舞踏会の場で、泉鏡花、川上音二郎、小泉八雲、藤田五郎といった歴史上の人物たちと出会う。この世界では、日没から明け方の「朧ノ刻(おぼろのとき)」に、「物の怪」たちが姿を現す。その姿を見ることができる者は「魂依(たまより)」と呼ばれ、芽衣もこの力を持っていた。慣れない生活の中、彼らと触れ合い芽生えていく恋心。「魂依」の力は、芽衣と彼らをより強い絆で結びつけていく。しかし、現代に戻るチャンスは一か月後の満月の夜。芽衣が選ぶのは現代か、それとも……少し不思議な明治の東亰で、時を越えた恋の物語が開花する――
衝撃的なラストシーンで幕を閉じた第1期から6年後、選別者にとって狭き門である20階に居たのは、何度脱落しても「塔の王になる」と挑戦を続ける男・王野 成(おうじ なる)。莫大な受験料のために借金を抱える王野は、最後のチャンスとして再び試験に挑戦し、そこで圧倒的な強さを持つ謎めいた長髪の男・ビオレと出会うが、ビオレは塔の支配者であるザハードに対抗する犯罪組織「FUG」のスレイヤー候補であった。
舞台は日本海に面した“綾凪市”。10年前に発生した“同時多発無気力症”による災害から復興を遂げた未来型新興都市である。高校生の神郷慎(カンザト シン/17歳)は、弟の洵(ジュン/14歳)と共に、長男で綾凪市の若き警察署長である諒(リョウ/28歳)と10年ぶりに再会する。その頃、綾凪市ではある怪奇事件に襲われていた。潜水艇の中から忽然と姿を消した乗組員。10年ぶりに世間を騒がせる無気力症。学生が無惨な姿となって殺されていく表裏反転死体事件。一連の事件に潜む組織を追う諒。そして事件に巻き込まれた事から、異形の姿をした“ペルソナ”を覚醒させる慎。兄弟達の運命の歯車が今回り始める――。
“あなたは そこにいますか?”西暦2150年。遠い宇宙から来たシリコン生命体・フェストゥムとの戦いは、新たな局面を迎えていた。第一次蒼穹作戦で砕かれた北極ミールは、その欠片を世界中にまき散らした。それらはやがて、独立したミールとして、個別の活動を始めた。大半のミールは人類への憎しみを抱き、戦いを挑んできたが、一部のフェストゥムは人類との共生を選択した。同じ思想を持つ者は、人類のなかにも存在した。彼らは人間であり、フェストゥムでもあった。その存在が戦局を混乱させ、より多くの憎しみを生んだ。戦いはもう、人類対フェストゥムという単純な構図では語れなくなっていた。そんななか、竜宮島だけは戦いの表舞台から姿を消し、沈黙を守っていた。2年前の来須 操との邂逅で、島はミールと対話する手段を手に入れた。それは島に、可能性をもたらした。アルヴィスの子たちは、戦いの準備を整えながら、敵を理解する術を模索していた。そして、今また、島に更なる進化がもたらされようとしていた。フェストゥムの言語を解する少女と、フェストゥムに守られた少女。ふたりが出会う時、新たな世界の扉が開く…
捕手・御幸一也との出会いが、少年の人生を一変させる。沢村栄純15歳。己の力を試すため、仲間に別れを告げ、野球名門校・青道の扉を叩く。そこには己のすべてをかけた誇り高き球児達がいた!
重度の中二病で陰キャの市川京太郎と、クラスで人気者の山田杏奈。美少女らしからぬ行動を繰り出す山田に、市川は目を離せずにいた。そんな市川の恋心を知ってか知らずか、山田は天真爛漫に近づいて来る!! 全く違う世界にいたはずの2人。しかしその距離は、徐々に近づいていき……。
雪男は燐に決別を告げ、イルミナティへと向かってしまった。強さを求め、真実を求める雪男と向き合うためには、自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、メフィストの手引きで過去へと旅立つ。燐は、育ての父である藤本獅郎と実の母であるユリ・エギンの足跡を辿っていくが、二人が生きた道筋は、想像を超える過酷なものだった―― なぜ、悪魔の神であるサタンと人との間に仔が生まれたのか。〝青い夜〟とは何だったのか。すべてを知ったとき、燐が出す答えとは……。物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
父親の再婚をきっかけに、朝日奈家で暮らすことになった女子高生・絵麻。東京、吉祥寺にあるマンション「サンライズ・レジデンス」で彼女を迎えたのは、たくさんの兄弟たちだった。「家族」として、兄弟たちと仲良くなりたいと願う絵麻。しかし、そんな想いとは裏腹に、兄弟たちは彼女への恋心を募らせていく。やがてそれは、彼女を奪い合う、兄弟たちの衝突へと発展して……。