「地上を≪魔甲蟲≫と呼ばれる魔物に支配され、天空の浮遊都市へ追いやられた人類は、≪魔甲蟲≫に対抗しうる存在――空戦魔導士を生み出した。空戦魔導士の育成機関である学園浮遊都市≪ミストガン≫の生徒、カナタ・エイジは≪黒の剣聖(クロノス)≫の称号を持つエリートエース。しかし、今では“とある事件”から「裏切り者」の烙印を押され、前線を退いていた。そんなカナタが、“おちこぼれ”と揶揄されるE601小隊の教官に任命される。この小隊に所属するのは、一癖も二癖もある3人の少女。彼女たちに叩き込むカナタの指導法は、荒唐無稽な常識外のものばかりで…「俺がお前たちを最強の空戦魔導士にしてやるよ」“裏切り者”教官の型破りな指導で「最強の空戦魔導士」を目指す!“落ちこぼれ”少女たちの成長の物語が今、始まる。
住人の半数が特別な能力を持つ街、咲良田(さくらだ)。過去に体験したすべての記憶を思い出すことができる【記憶保持】の能力を持つ浅井ケイと、“世界を最大3日分巻き戻す能力”【リセット】を持つ春埼美空。彼女自身も、【リセット】の影響で、記憶を失ってしまうが、【リセット】によって記憶を失わないケイと力を合わせることで、二人は過去をやり直し、現在(いま)を変えることができる―。しかし、その二人にもやり直せない“過去”があった。それは、二年前に同級生の相麻菫を【リセット】の影響で失ってしまったこと。二人は【奉仕クラブ】という部活に所属し、生徒たちの様々な依頼をこなす日々を送りながら、相麻菫を生き返らせる方法を探っていた。そんな彼らのもとにある依頼が舞い込む―「死んだ猫を生き返らせてほしい」。過去に起こった“悲しみ”を消すために、少年と少女は時を駆け巡り、世界を変えていく―
春――それは新たな出会いと思わぬ再会、そしてミステリアスな旋律と共に幕を開ける。高校への進学を機に、吹奏楽を始めることを決意した穂村千夏(チカ)。目指すは華麗で乙女なキュートガール。音楽講師・草壁と出会い、憧れを募らせるチカだったが、幼なじみの上条春太(ハルタ)との再会に廃部寸前の吹奏楽部と、チカの青春は思いもよらない方向へ……。部員集めに翻弄する日々と、仲間たちと交わす友情、そして次々に現れる謎(ミステリ)。チカとハルタの奏でる音楽がいま、高らかに鳴り響く!