秋里コノハは美少女&美少女ゲームが大好きなイラストレーター。超人気絵師になることを夢見て美少女ゲーム制作会社で奮闘しているものの現実はうまくいかず……、ソシャゲ全盛期の現代に会社は傾き、コノハはサブのイラストレーターとしてモブキャラの後ろ姿を塗る日々を過ごしていた。ある日、ひょんなことから過去の名作美少女ゲームをゲームショップの店主から譲ってもらうことに。美少女ゲーム黄金時代に思いを馳せ、『同級生』のパッケージを開くと突如まばゆい光に包まれ、気づくとコノハは過去にタイムリープをしていた!行きついた先は1992年!世は美少女ゲーム黎明期!アルコールソフトという会社で働くことになったコノハは、美少女を想い、美少女を描き、美少女を創りあげていけるのか!?圧倒的な美少女への愛でお送りする、ひとりの少女の物語――『じゃ、始めるね!』
幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。薫たちとの別れ、そして新たな出会い。さらには、志々雄一派との戦い。己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心。幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――!