西暦2030年、日本。情報ネットワーク化が進む中、犯罪を一掃する攻性組織が設立された。内務省直属独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」だ。彼らの任務は、電脳犯罪への対処、要人警護、政治家の汚職摘発など多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課はネットに潜む犯罪に立ち向かう!
前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」に続くシリーズ第2弾。草薙素子を始めとする公安9課は犯罪の芽を探し出し、これを除去する攻性の組織である。招慰難民や核を巡る政治的謀略に立ち向かう中で9課は新たな敵である内閣情報庁、そして「個別の11人」と名乗るテロリストと対峙することになる。
西暦2034年。公安9課から草薙素子が去り、2年の歳月が経過していた。トグサが新しく組織を率いる立場となり、メンバーも大幅に増員されて拡大を果たした新生公安9課に、次々と難事件が襲いかかる。捜査の結果、一連の事件を背後で操っている存在が「傀儡廻(くぐつまわし)」と呼ばれる超ウィザード級ハッカーであることが判明する。そんな中、他のメンバーとは別ルートで事件の追跡をしていたバトーは、偶然にも草薙に再会する。「“Solid State“には近づくな」という謎の言葉を口にして去る草薙。そして残されたバトーの脳裏にはある疑念が生じる。「傀儡廻」とは草薙のことではないのか……。次から次へと立ちはだかる難事件の前に、新生9課のメンバー達はどう挑むのか!?事件の陰に付き纏う「傀儡廻」の正体は?そして”Solid State Society”が意味するものとは!?